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针对FPGA互连开关的常开、常闭、线段的开路、常0、常1故障,以及连接于同一开关矩阵的互连线段桥接故障的测试诊断问题,提出一种自动生成与应用无关的测试配置进行故障诊断的方法。通过对布线资源图中节点分方向遍历、生成全局和局部测试配置,用JTAG施加测试激励和回读结果。实验结果证明只需要较少配置时间就能够使互连故障覆盖率达到100%。