2005年我国不能走以核能为主导的能源道路
　　
　　在深圳高交会可再生能源技术与投资国际研讨会上，他反驳了部分专家的观点，认为我国不能走以核能为主导的能源道路。他的理由是，我国天然铀资源供应不足，仅能支撑50座标准核电站连续运行40年。
　　
　　人类无须敬畏大自然
　　
　　在与一些环保组织的争辩中，何祚庥的论点是：我们在处理人和自然的关系时，应该奉行以人为本。保护环境和生态的目的是为了人。有些时候我们需要“破坏”一下环境和生态，改变一下环境和生态，但也是为了人。
　　
　　“阴阳五行连‘伪科学’都谈不上，简直是反科学。”
　　
　　在接受《环球》杂志记者采访时，何祚庥表示，中国古代的科学思想对现代中国科技的发展没有什么大影响。古代中国的哲学思想如“五行论”等与中国现代科技的发展更是不着边际。真实的情况是，中国近代科学是从西方传入的，中国现代科技是在西方科技的基础上发展起来的。
　　
　　迎接即将到来的太阳能时代
　　
　　在“2005科技进步与西部经济社会可持续发展专题”报告会上作了题为“迎接即将到来的太阳能时代”的报告，提出能源特别是绿色环保能源越来越成为实现中国乃至世界经济可持续发展的基础和保证。对光电效应应用中,太阳能光电池的发电模式最值得关注。
　　
　　支持治疗性克隆，称其不违背人权
　　
　　他认为“治疗性克隆”的核心问题是人类胚胎与病人利益的冲突问题，首先必须解决“人”的定义问题。一个单个的受精卵没有感觉功能，也没有神经系统，不是真正意义上的“人”。为了保护一个不是“人”的人权，而不顾千千万万通过治疗性克隆可以治愈的患者的权利，是不利于社会的进步的。
　　
　　2004年预言风力发电商机
　　
　　在福州“两岸科教创新论坛”上，何祚庥对此问题作出的解答语惊四座。他说，为解决困扰中国经济的能源短缺问题，中国应大力发展风力发电。他甚至断言：风力发电(包括风机及电能)将成为未来中国的第一产业！
　　
　　我们的夸克粒子研究曾早于美国
　　
　　本年诺贝尔物理奖授予3位美国科学家，瑞典皇家科学院称，他们是因在夸克粒子理论方面所取得的成就获此奖项的。对此，何祚庥直言，“非常之遗憾”。他说，我国在1965年率先提出了夸克模型这一量子色动力学中的关键理论，而且，当时提出的关于颜色的概念已经很接近最后的结果。“文革”使所有的科研工作被迫停止，我们丢失了一次冲刺诺贝尔奖的机会。
　　
　　 对“《易经》文化”的反思
　　
　　智慧学学术研讨会上,在对“《易经》文化”的反思演讲中说，一切从客观实际出发，这是现代科学的基本思维模式；一切从臆想笼统出发，这是古代《易经》的基本思维模式。支持杨振宁教授对《易经》的批评。
　　
　　2003年
　　谈磁悬浮列车：
　　又便宜又容易又好
　　
　　速度快、效益高、能耗省、噪音低、污染少。中国100个主要城市，每个城市平均需要100公里的磁悬浮铁路作为公共交通线路。建造磁悬浮干线铁路能最有效、最快速、最实际地改变交通的落后状况。
　　
　　宣称暗物质的发现将推动物理学第五次大突破
　　
　　在中科院举行的纪念毛泽东诞辰110周年座谈会上率先发言说，随着暗物质、暗能量的发现，当代物理学的发展将从中酝酿形成第5次大突破。
　　
　　反思教育,废除考试万万不能
　　
　　在中科协年会主题会场上，以《对教育如何“面向现代化、面向世界、面向未来”的反思》为题进行专题演讲，极力反对全面否定应试教育的说法,认为素质教育也应看重考试能力。
　　
　　旅游维权
　　
　　在杭州市政府和中消协联合召开的“旅游经济发展和消费者权益保护研讨会”上，提出消费维权除了关注来自不规范市场对消费者权益所带来的损害以外，还应关注某些部门推行的不恰当的行政措施对消费者权益的损害。
　　
　　2002年中国股市拉大贫富差距，呼吁征收所得税
　　
　　认为当前中国证券市场对实体经济贡献甚小，其在中国所起的最主要作用是拉大贫富差距。主张应向股民征收所得税。在短短的十几年内，中国社会会涌现出一批暴富者，除了由于腐败和各种大量侵吞国有资产的不法行为外，非常重要的来源就是股市。
　　
　　电动车是中国未来车辆的发展方向
　　
　　两会期间，何祚庥即呼吁有关部门制定电动自行车产业政策，尽快发展电动自行车市场。此后面对该产业的持续争议，他坚持反对禁止电动自行车，宣称电动车是中国未来车辆的主要发展方向。
　　
　　2001年对中国未来十大猜想
　　
　　在第3届浙洽会高新技术和风险投资论坛上，发表新世纪初中国科技10大猜想，它们分别是：核电、磁悬浮电车、氢气燃料电池、纳米光纤、沙漠产业、太阳能农机具、环境产业、产生20位诺贝尔奖得主、烟草丧失中国市场和移民月球。
　　
　　中国启动结构调整符合百姓利益
　　
　　在全国九届政协四次会议小组讨论会上指出，中国政府在“十五”计划中将信息化提到了至关重要的位置，对产业结构做出重大调整，符合百姓的切身利益。
　　
　　“三个代表”应成为评价一切科学工作的根本标准
　　
　　刊登于《昆明理工大学学报》,通过量子力学的建立与发展，奠定了原子能、计算机、光纤通讯、激光技术的理论基础,证明了科学技术是第一生产力的论述的科学性。通过量子力学的发展,论证了“三个代表”的理论是科技创新评价体系的根本性标准。
　　
　　
　　2000年上书中央，建议缓建国家大剧院
　　
　　在北京召开的两院院士大会期间，与吴良镛等49名院士联名上书中央，针对国家大剧院设计方案提意见，建议中央缓建国家大剧院，并对设计方案展开公开讨论。
　　
　　1995年反对轿车进入家庭
　　
　　在《经济日报》、《科学时报》、《中国青年报》、《科技日报》等各家报刊发表文章，反对轿车进入家庭。
　　
　　
　　何祚庥批判梁思成
　　
　　1955年10月《学习杂志》上发表了何祚庥的《论梁思成对建筑问题的若干错误见解》，近万言。文章开篇指出“他近年来所鼓吹的中国建筑的方向却有着严重的错误。”他认为梁思成片面地强调了建筑的艺术性，颠倒了建筑学中美观和适用、经济的正确关系。重视艺术性强的民用建筑，而非工用建筑，这与当时的建国方针不符。其次，梁思成所提倡的“民族形式”实际上是复古主义的主张，把“民族形式”看成是和现实生活无关、一成不变的范畴，和中国古代的宫殿、庙宇等建筑形式等量齐观起来。他还批判梁思成的建筑理论是直接违反总路线的错误理论，其错误思想源自资产阶级唯心主义。
　　问及此事，何祚庥对本刊的回答是：一、当时他在宣传部工作，批评梁思成是工作任务，是上面要批，他只是执行，“在《学习》杂志上发文章不是谁想发就能发的。”二、说何祚庥反对梁思成先生保护旧城墙和古建筑，“是胡扯，因为梁做这些的时候，我还没在宣传部工作。”三、我当时反对的也只是“大屋顶”，后来梁先生也接受了我们的批评。梁先生并没因此嫉恨我，我们的私交很好。
　　
　　 何祚庥大战法轮功
　　
　　自1998年始，何祚庥陆续撰文批评法轮功，做反邪教专题演讲和谈话。1999年4月，何祚庥在《青少年科技博览》上发表文章《我不赞成青少年练气功》，同年出版《何祚庥与法轮功——1999年夏天的报告》，通过身边具体的事例，揭露“法轮功”歪理邪说的欺骗性和伪科学性，并通过媒体呼吁大众提高科学素养。
　　作为积极反对邪教的科学家，他遭到“法轮功”组织的多次骚扰甚至谩骂。“不断有人打电话到我家，和我辩论或进行谩骂!‘法轮功’组织者还派了许多人不断地到我家要和我‘辩论’，从早到晚，一天中达7起之多。”但何祚庥斗志不减，态度始终激昂坚定。 　　
　　“反伪斗士”与三大“冤案”
　　
　　说明：因为何祚庥先生的性格和作为，关于他的新闻不断，而且何也不断地卷入是非辩论之中。以下，我们就其中流传最广的一些公案，根据公开发表的文章以及何在本次接受本刊采访时的说法，做了编辑整理，希望能反映这些争议的全貌。
　　
　　1.张颖清的全息生物学遭封杀后“含冤病逝”
　　
　　张颖清是原山东大学全息生物研究所所长，1990年在新加坡召开的第一届国际全息生物学学术讨论会上，张被选为国际全息生物学会终身主席。据山东大学全息生物研究所网站披露，当时张颖清曾3次被诺贝尔评奖机构邀往瑞典举办讲座，并被国家有关部门认为将有希望成为首位获得诺贝尔奖的中国生物学家。
　　1995年，全息生物学被何祚庥主编的一本科普著作打为“伪科学”。新华社2005年初的报道称“乱扣伪科学帽子的后果使张颖清的命运急转直下，他创立的全息生物学在学术上遭到封杀，其山东省专业技术拔尖人才称号被取消，研究经费无人支持，申请评奖无处受理，有的大学开设的全息生物学课程也被停开。由于学术生存权得不到保障，张积怨成疾，身心俱毁，从2000年起肺肝病变，胸腔积水，久治无效，不幸含冤病逝。”
　　
　　何祚庥回应：最早质疑的不是我
　　
　　何祚庥院士接受晨报采访时说：“我没有写过关于他（张颖清）是伪科学的文章，最早对他这一理论提出质疑的，是邹承鲁院士。我所编著的《伪科学曝光》编进了邹推荐的相关文章——我介入伪科学有一条原则：不是我（所研究的）行业中的事情，我都要问专家。像生物，我就要找邹承鲁和方舟子，他们说的我相信。至于我，顶多能算个‘帮凶’。
　　“说‘因为我的迫害，张含冤去世’是不能成立的。我编书是在1995年，张逝世是在去年，中间相隔10年。”
　　对于张颖清的成就，何祚庥评价：“不是说我何祚庥说他站不住脚他就站不住脚。如果他的工作的确是好的，国内得不到支持国外也能获得支持，总归有人承认，他死后还会有人支持他，继续他的工作。”
　　
　　2.徐业林发明“无偏二极管”被指“永动机”
　　
　　2004年底，《光明日报》消息：“中国科学院生物物理研究所研究员徐业林发明的‘无偏二极管’，陆续获得了俄、英、美、中四国的发明专利……在不需要外加电能、化学能、太阳能等能量的条件下，只要环境温度高于负273℃，该器件就能奇迹般地输出直流电流……这将是一种取之不尽、完全没有污染的新型能源。”
　　同年12月9日，方舟子在《北京科技报》发表《永动机神话为何重现江湖》一文，将“无偏二极管”定性为“永动机”、伪科学，随后何祚庥也指责徐业林违反能量守恒定律。
　　
　　何祚庥回应：我说他的成果是永动机
　　
　　何祚庥在对《晨报》记者谈到自己对“无偏二极管”的“打假”时说：“这就是永动机，他的文章里就写上了永动机，而且说永动机可能是对的。他的理论就是说能量可以无限释放，这是违背热力学第一和第二定律的。他说他的能量取之不尽用之不竭，可他的实验本身做得就不严格，他没有跟外界屏蔽起来。这些必要的实验措施都没做，就忙着宣传他的成果和重大意义，因此我说他的成果是永动机，而国际上公认永动机是伪科学。”
　　
　　3.蒋春暄“费马大定理”证法被称无价值
　　
　　费马大定理是有近代数论之父之称的17世纪数学家费马提出的一个猜想，350年来一直困扰着全世界的科学家。1994年，英国数学家威尔斯被认为解决了这一难题而轰动全球。然而中国航天部高工蒋春暄对此强烈反对，他指出，早在1991年，他已早于威尔斯完成了证明。蒋的有关证明论文1992年发表在国内的《潜科学》杂志上。
　　随后，“反伪斗士”将他的发现打成“伪科学”，认为它和成千上万宣称“解决了世纪数学难题”的无知业余数学爱好者的“发现”一样毫无价值。
　　
　　何祚庥回应：蒋春暄的理论连起码的科学价值都没有
　　
　　何祚庥说：“蒋春暄如果证明了费马大定理，应该投到有正规审查人的正规科学杂志发表。通过审查认为是科学的，才能发出来。蒋春暄没发过，就证明他的理论连起码的科学价值都没有。”