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通过对昌马水库运行前后不同时期疏勒河流域盆地地表水—地下水相互转化的分析,发现调配水资源引起了"河流—含水层"系统的强烈变化。流域盆地地下水补给量总体呈减少趋势,引发了生态的恶化。3座水库联合调水后,中游盆地地下水补给量,比20世纪60年代、90年代末,分别减少了3.11×108m3,2.95×108m3。下游2个盆地的地下水补给量小幅增加,中游盆地泉水溢出量与60年代相比削减了53.2%。盆地内的河水断流,湿地萎缩,植被、草场退化,土地沙漠化和盐渍化等环境问题更加严重。