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社会经济的快速发展给公共卫生全额事业单位带来的巨大变化之一，就是专项资金的拨款数量和额度明显增加。然而，面对形势的变化，各基层全额事业单位并没有做好应对准备，在使用专项资金的过程中普遍存在着一些问题，这些问题的存在直接影响了资金的使用效率和效果。针对专项资金从中请、使用到效益分析存在的问题做一浅析，并在此基础上提出一些建议和对策。