总结了从细胞内的小的信号转导通路组成的网络到中等的下丘脑—垂体—肾上腺—胸腺(HPAT)轴网络和涵盖全身,联络多个重要系统的大的神经内分泌免疫(NEI)网络,提出人体受到外界干预而形成的“病”或“证”,亦都是以众多的分子网络变化为基础。描绘了信号转导通路的方式、能力、研究信号转导通路变化的方法,提出“以药测证”是按系统生物学方法研究证的干预手段。作者采用补肾复方以药测证发现肾阳虚证涵盖着NEI调节网络,而且直接作用于NEI网络的调控中枢—下丘脑。采用从补肾复方中提取的有效组分———淫羊藿总黄酮(EF),发现它通过NEI网络的下行通路激活免疫系统,能激活生长激素轴、性腺轴、淋巴细胞凋亡3个方面的网络机制发挥分子网络效应;也观察到EF调控基因网络表现出多种多样的方式,在淋巴细胞凋亡和增殖的网络机制中重塑对立的凋亡相关基因及增殖相关基因平衡;能会聚与整合共刺激分子、转化生长因子及多个原癌基因,成为启动促增殖、抗凋亡的上游因子网络;使NIK/IKK/IκB/Rel/NFκB信号转导通路中对立的IκBα与NFκB同时升高,既维持NFκB适度升高,又保证NFκB呈强者态势发挥其分子调控网络中的枢纽作用,并由此观察到肾虚证HPAT轴上有序的基因网络调控路线图谱。