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闽台合作项目可以充分发挥福建高校与台湾高校的专业及师资优势，通过共建专业与分段对接的办学模式，促进福建省高等教育改革。但是，由于海峡两岸不同的政治、经济和教育运行机制导致两岸在办学理念、教育机制和学生管理等方面都存在较为明显的差距，且办学时间较短但发展速度迅速，学生数量迅速增加。这对闽台生的教育管理工作提出了较高的要求。因此，相关项目的高校管理部门应该认真研究这种新办学模式背景下闽台生的思想学习动态，强化对闽台生思想政治的理论引导，构建适应闽台高校合作办学的闽台生教育管理工作新模式，以利于闽台生的健康全面