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在香菇生产的过程中，常受到病虫的为害，如果防治不利，会使香菇栽培陷入恶性循环，轻则造成减产，重则栽培失败，所以必须引起高度重视。香菇的病虫害防治应以“预防为主，综合治理”和安全、有效、经济的原则，用农业防治、生物防治、物理防治和化学防治相结合的综合防治技术对有害生物进行控制和治理，把化学防治作为辅助手段，使生产的香菇达到国家无公害香菇质量标准。
1.杂菌危害
1.1木霉 木霉又称为绿霉菌，广泛分布于各种植物残体、土壤和空气中。木霉靠孢子传播，常借助气流、水滴、昆虫、原料、工具及操作人员的手、衣服等为媒介，侵入培养基内，一旦条件适宜就萌发繁殖为害。当生产环境不清洁、培养料灭菌不彻底、接种操作不严格，且处于高温高湿条件时，就给木霉侵染造成机会，尤其是多年的菇场和老菇房，常是木霉猖獗为害的场所。为害香菇生长的所有杂菌中，木霉威胁最大。木霉适应性强，繁殖速度快，它本身能分泌毒素，抑制香菇菌丝生长。木霉若生长在生长势减弱的香菇菌丝体上，会使香菇组织细胞溶解死亡。木霉在4℃～42℃范围内都能生长，孢子萌发喜高湿环境，侵害香菇培养基时，初期为白色棉絮状，后期变为绿色。菌种如果被木霉危害，必须报废，即使轻度感病的菌种也应报废。
1.2链霉 又叫链孢霉。生长初期呈绒毛状，白色或灰色，生长后期呈粉红色、黄色。大量分生孢子堆集成团时，外观与猴头菌子实体相似，链孢霉主要以分生孢子传播为害，是高温季节发生的最重要杂菌。链孢霉菌丝顽强有力，有快速繁殖的特性，一旦大发生，便是灭顶之灾，其后果是菌种、培养袋或培养块成批报废，所以必须预防为主，防治结合。
1.3毛霉 毛霉又叫黑霉、长毛霉。菌丝初期白色，后灰白色至黑色，说明孢子囊大量成熟。该菌在土壤、粪便、禾草及空气中到处存在。在温度较高、湿度大、通风不良的条件下发生率高。生长速度明显高于香菇菌丝，毛霉菌丝体每日可延伸3cm左右。毛霉在香菇菌丝体培养期间侵染时，蔓延速度快，数日内便能布满基质，而受害的香菇菌丝则生长缓慢，尽管最终仍能伸达基质各处，但香菇菌丝已无正常浓白色，而是呈灰黄色。发生的主要原因是基质中使用了霉变的原料，接种环境含毛霉孢子多，在闷湿环境中进行菌丝培养等。
1.4杂菌防治 培养料先经堆制发酵，利用多种高温型微生物所产生的生物热杀死害虫和中低温菌类，减少污染源；快速装袋灭菌。配制后的培养基偏酸性，适于各种微生物生长与繁殖，所以应尽量在5小时内装袋完毕，灭菌时要求在4～6小时内使温度上升到100℃；培养室降温、通风，可以减少杂菌污染，提高接种成品率。如要防止木霉的污染，可把接种后的菌袋先在16℃下培养，这时香菇菌丝可以生长，而木霉的孢子难以萌发，菌丝生长缓慢（木霉菌丝生长最适温度为25℃～30℃），待香菇菌丝体在培养料表面生长到一定程度后，再逐步提高温度，最后在25℃下培养到菌丝体长满全袋。如一开始就在25℃下培养，有利木霉菌丝的生长，则杂菌污染率就高；局部污染的菌袋可注射20%甲醛溶液或5%石碳酸，以控制污染点的扩散；对蛞蝓、白蚁的防治可参照段木栽培的防治方法进行；对跳虫的防治，可在出菇期用0.1敌敌畏拌少量蜂蜜诱杀，或用0.1%鱼藤精或150～200倍除虫菊液喷洒。
2.虫害
2.1菇蝇 成虫和幼虫都喜欢取食潮湿、腐烂、发臭的食物，有较强的趋化性和趋腐性，可取食菌丝和子实体。可随培养料进入菇房，也可随菇房通风进入菇房。菇房的菇香味和烂菇味对菇蝇都有很强的吸引力。菇蝇繁殖力极强，一只雌蝇可产卵300粒。菇蝇以幼虫为害，在料中为害菌丝，从基部侵入菌柄，蛀食子实体，严重时将整个菇体食为海绵状。防治方法：菇蝇在不同时期应采用不同方法。出菇前有菌蛆大量发生，可用敌敌畏按0.90kg/100m2的量进行熏蒸，同时在每个培养块上再喷0.15kg的1%氯化钾或氯化钠溶液（可用5%食盐水代替）；出菇后有菌蛆为害可喷鱼藤精、除虫菌酯、烟碱等低毒农药。此外还应加强通风，调节棚内温湿度来恶化害虫生存环境，达到防治的目的。
2.2菇蚊 菇蚊喜欢在潮湿、肮脏的环境繁衍，香菇真菌的菌丝是菇蚊的最好食料之一。其为害方式主要是咬食菌丝，破坏菌丝的正常生长，导致菌丝衰弱或死亡，同时给其他杂菌的侵染创造了良好条件，使一些竞争性杂菌在菇蚊的为害斑上大量繁殖并产生抗菌素，引发病害而进一步破坏香菇菌丝，造成危害的恶性循环。此外，跳虫、螨虫、线虫等也趁机在菇蚊的咬斑内大量繁殖为害，加重危害程度。害虫的综合危害造成香菇的菌丝自溶，培养基松散，黑水横流。据观察，菇蚊的幼虫在人造菇木内为害2～3周后变硬化蛹，蛹经过3～7天羽化为成虫飞出。成虫交尾后很快产卵，每只雌虫约产卵10～300粒。菇段因受害所产生的特殊气味，对菇蚊的成虫有很强的诱集性，因而菇蚊往往又会回到病斑上产卵，引起下一个世代对香菇的为害。防治方法：及时清理废旧培养料。香菇采收过程中应及时将废弃的菇木挑出集中堆放处理，采收结束应马上将全部菇木离架脱袋，集中堆放，并彻底打扫菇棚。废料堆应远离下一批菇木的发菌场所，堆内泼洒50%的石灰水消毒，然后在堆面喷洒200倍敌敌畏液后加塑料薄膜覆盖，既可促进废料发酵腐熟又可杀虫灭菌。废料堆放40天以上可作为大田作物有机肥使用；保持发菌场外和出菇场地清洁。堆放前发菌场所和菇棚（包括人造菇木堆放地及周边环境）要进行彻底清扫，并用石灰粉或漂白粉等消毒杀虫灭菌。菇木要疏排，及时翻堆，及时刺孔通气，加强管理，提高菇木的自身抗病虫能力；正确掌握防除菇蚊的方法。主要采用喷雾、注射、挖除、诱杀四种方法防治菇蚊。喷雾是杀死菇蚊的关键措施，通过喷雾可及时杀死成虫，大大降低成虫产卵量。杀成虫可用菇类专用杀虫剂菇虫净，该药具有触杀和胃毒双重作用，且药效持久，一般在刺孔通气前喷一次到剥袋时（花菇除外）再喷一次即可有效杜绝成虫再产卵；对在筒袋内危害的菇蚊幼虫可选用300倍敌敌畏液注射病斑，每cm直径注射0.5～1mL，不可过量；挖除病斑，剔尽黑色木屑然后涂上石灰水，同时及时烧毁或深埋剔除下来的病斑木屑；根据菇蚊对旧病斑的趋性，在人造菇木堆放场所选留部分菇蚊危害较重的菇木作诱饵，筒内施少量3%呋喃丹颗粒剂，诱集菇蚊产卵后将其集中杀灭。
2.3螨类 螨类包括红蜘蛛、菌虱。其发生环境主要潜藏在厩肥、饲料和培养料内，鸡窝畜舍、谷物仓库或环境条件差、腐殖质丰富的场所，往往有大量的螨类存在。螨类非常微小，发生初期常被忽视，一旦爆发易酿成大灾。螨类在香菇生产的各个阶段均可能造成为害，取食香菇菌丝体及子实体。培养基遭受螨害后，接种部位的菌种块不萌发或萌发后菌丝外观稀疏暗淡，并逐渐萎缩，严重时培养料中的菌丝会被全部吃光，造成栽培失败。防治方法：搞好培菌室的环境卫生，可有效杜绝螨害的发生。对发生螨害的培菌室，在重新使用前用敌敌畏等药物熏蒸杀螨。菌丝体培养期间可喷洒1000倍液的三氯杀螨醇或500倍液的克螨特效果较好。子实体培育期间不宜用药，否则菇体易产生药害，食用后危害人体健康。
2.4其他虫害 对蜗牛、蛞蝓等害虫，可于清晨或傍晚进行人工捕杀。白蚁可用亚砒酸（亚砷酸、砒霜、信石）60%、滑石粉40%或用亚砒酸46%、水杨酸15%、氧化铁5%的混合药粉撒施在蚁道、蚁巢上进行防治。
1.杂菌危害
1.1木霉 木霉又称为绿霉菌，广泛分布于各种植物残体、土壤和空气中。木霉靠孢子传播，常借助气流、水滴、昆虫、原料、工具及操作人员的手、衣服等为媒介，侵入培养基内，一旦条件适宜就萌发繁殖为害。当生产环境不清洁、培养料灭菌不彻底、接种操作不严格，且处于高温高湿条件时，就给木霉侵染造成机会，尤其是多年的菇场和老菇房，常是木霉猖獗为害的场所。为害香菇生长的所有杂菌中，木霉威胁最大。木霉适应性强，繁殖速度快，它本身能分泌毒素，抑制香菇菌丝生长。木霉若生长在生长势减弱的香菇菌丝体上，会使香菇组织细胞溶解死亡。木霉在4℃～42℃范围内都能生长，孢子萌发喜高湿环境，侵害香菇培养基时，初期为白色棉絮状，后期变为绿色。菌种如果被木霉危害，必须报废，即使轻度感病的菌种也应报废。
1.2链霉 又叫链孢霉。生长初期呈绒毛状，白色或灰色，生长后期呈粉红色、黄色。大量分生孢子堆集成团时，外观与猴头菌子实体相似，链孢霉主要以分生孢子传播为害，是高温季节发生的最重要杂菌。链孢霉菌丝顽强有力，有快速繁殖的特性，一旦大发生，便是灭顶之灾，其后果是菌种、培养袋或培养块成批报废，所以必须预防为主，防治结合。
1.3毛霉 毛霉又叫黑霉、长毛霉。菌丝初期白色，后灰白色至黑色，说明孢子囊大量成熟。该菌在土壤、粪便、禾草及空气中到处存在。在温度较高、湿度大、通风不良的条件下发生率高。生长速度明显高于香菇菌丝，毛霉菌丝体每日可延伸3cm左右。毛霉在香菇菌丝体培养期间侵染时，蔓延速度快，数日内便能布满基质，而受害的香菇菌丝则生长缓慢，尽管最终仍能伸达基质各处，但香菇菌丝已无正常浓白色，而是呈灰黄色。发生的主要原因是基质中使用了霉变的原料，接种环境含毛霉孢子多，在闷湿环境中进行菌丝培养等。
1.4杂菌防治 培养料先经堆制发酵，利用多种高温型微生物所产生的生物热杀死害虫和中低温菌类，减少污染源；快速装袋灭菌。配制后的培养基偏酸性，适于各种微生物生长与繁殖，所以应尽量在5小时内装袋完毕，灭菌时要求在4～6小时内使温度上升到100℃；培养室降温、通风，可以减少杂菌污染，提高接种成品率。如要防止木霉的污染，可把接种后的菌袋先在16℃下培养，这时香菇菌丝可以生长，而木霉的孢子难以萌发，菌丝生长缓慢（木霉菌丝生长最适温度为25℃～30℃），待香菇菌丝体在培养料表面生长到一定程度后，再逐步提高温度，最后在25℃下培养到菌丝体长满全袋。如一开始就在25℃下培养，有利木霉菌丝的生长，则杂菌污染率就高；局部污染的菌袋可注射20%甲醛溶液或5%石碳酸，以控制污染点的扩散；对蛞蝓、白蚁的防治可参照段木栽培的防治方法进行；对跳虫的防治，可在出菇期用0.1敌敌畏拌少量蜂蜜诱杀，或用0.1%鱼藤精或150～200倍除虫菊液喷洒。
2.虫害
2.1菇蝇 成虫和幼虫都喜欢取食潮湿、腐烂、发臭的食物，有较强的趋化性和趋腐性，可取食菌丝和子实体。可随培养料进入菇房，也可随菇房通风进入菇房。菇房的菇香味和烂菇味对菇蝇都有很强的吸引力。菇蝇繁殖力极强，一只雌蝇可产卵300粒。菇蝇以幼虫为害，在料中为害菌丝，从基部侵入菌柄，蛀食子实体，严重时将整个菇体食为海绵状。防治方法：菇蝇在不同时期应采用不同方法。出菇前有菌蛆大量发生，可用敌敌畏按0.90kg/100m2的量进行熏蒸，同时在每个培养块上再喷0.15kg的1%氯化钾或氯化钠溶液（可用5%食盐水代替）；出菇后有菌蛆为害可喷鱼藤精、除虫菌酯、烟碱等低毒农药。此外还应加强通风，调节棚内温湿度来恶化害虫生存环境，达到防治的目的。
2.2菇蚊 菇蚊喜欢在潮湿、肮脏的环境繁衍，香菇真菌的菌丝是菇蚊的最好食料之一。其为害方式主要是咬食菌丝，破坏菌丝的正常生长，导致菌丝衰弱或死亡，同时给其他杂菌的侵染创造了良好条件，使一些竞争性杂菌在菇蚊的为害斑上大量繁殖并产生抗菌素，引发病害而进一步破坏香菇菌丝，造成危害的恶性循环。此外，跳虫、螨虫、线虫等也趁机在菇蚊的咬斑内大量繁殖为害，加重危害程度。害虫的综合危害造成香菇的菌丝自溶，培养基松散，黑水横流。据观察，菇蚊的幼虫在人造菇木内为害2～3周后变硬化蛹，蛹经过3～7天羽化为成虫飞出。成虫交尾后很快产卵，每只雌虫约产卵10～300粒。菇段因受害所产生的特殊气味，对菇蚊的成虫有很强的诱集性，因而菇蚊往往又会回到病斑上产卵，引起下一个世代对香菇的为害。防治方法：及时清理废旧培养料。香菇采收过程中应及时将废弃的菇木挑出集中堆放处理，采收结束应马上将全部菇木离架脱袋，集中堆放，并彻底打扫菇棚。废料堆应远离下一批菇木的发菌场所，堆内泼洒50%的石灰水消毒，然后在堆面喷洒200倍敌敌畏液后加塑料薄膜覆盖，既可促进废料发酵腐熟又可杀虫灭菌。废料堆放40天以上可作为大田作物有机肥使用；保持发菌场外和出菇场地清洁。堆放前发菌场所和菇棚（包括人造菇木堆放地及周边环境）要进行彻底清扫，并用石灰粉或漂白粉等消毒杀虫灭菌。菇木要疏排，及时翻堆，及时刺孔通气，加强管理，提高菇木的自身抗病虫能力；正确掌握防除菇蚊的方法。主要采用喷雾、注射、挖除、诱杀四种方法防治菇蚊。喷雾是杀死菇蚊的关键措施，通过喷雾可及时杀死成虫，大大降低成虫产卵量。杀成虫可用菇类专用杀虫剂菇虫净，该药具有触杀和胃毒双重作用，且药效持久，一般在刺孔通气前喷一次到剥袋时（花菇除外）再喷一次即可有效杜绝成虫再产卵；对在筒袋内危害的菇蚊幼虫可选用300倍敌敌畏液注射病斑，每cm直径注射0.5～1mL，不可过量；挖除病斑，剔尽黑色木屑然后涂上石灰水，同时及时烧毁或深埋剔除下来的病斑木屑；根据菇蚊对旧病斑的趋性，在人造菇木堆放场所选留部分菇蚊危害较重的菇木作诱饵，筒内施少量3%呋喃丹颗粒剂，诱集菇蚊产卵后将其集中杀灭。
2.3螨类 螨类包括红蜘蛛、菌虱。其发生环境主要潜藏在厩肥、饲料和培养料内，鸡窝畜舍、谷物仓库或环境条件差、腐殖质丰富的场所，往往有大量的螨类存在。螨类非常微小，发生初期常被忽视，一旦爆发易酿成大灾。螨类在香菇生产的各个阶段均可能造成为害，取食香菇菌丝体及子实体。培养基遭受螨害后，接种部位的菌种块不萌发或萌发后菌丝外观稀疏暗淡，并逐渐萎缩，严重时培养料中的菌丝会被全部吃光，造成栽培失败。防治方法：搞好培菌室的环境卫生，可有效杜绝螨害的发生。对发生螨害的培菌室，在重新使用前用敌敌畏等药物熏蒸杀螨。菌丝体培养期间可喷洒1000倍液的三氯杀螨醇或500倍液的克螨特效果较好。子实体培育期间不宜用药，否则菇体易产生药害，食用后危害人体健康。
2.4其他虫害 对蜗牛、蛞蝓等害虫，可于清晨或傍晚进行人工捕杀。白蚁可用亚砒酸（亚砷酸、砒霜、信石）60%、滑石粉40%或用亚砒酸46%、水杨酸15%、氧化铁5%的混合药粉撒施在蚁道、蚁巢上进行防治。