为确保法律衔接顺畅，做好备案管理工作，商务部起草并发布了《外商投资企业设立及变更备案管理暂行办法（征求意见稿）》（以下简称《征求意见稿》），向社会征求意见。《征求意见稿》全面贯彻落实简政放权、放管结合、协同监管的要求，就适用范围、备案程序、监督检查、法律责任等内容做出规范，同时规定港澳台投资者投资备案事项参照本办法办理。
　　《征求意见稿》规定，“非从事《外商投资准入特别管理措施（负面清单）》的外商投资企业设立备案时间为营业执照签发后30日内，变更为变更事项发生后30日内（《征求意见稿》界定变更事项发生通常指外商投资企业最高权力机构作出变更决议或决定的时间为外商投资企业变更事项的发生时间）。”
　　陈志刚认为，显然这是监管的一个重大变化，改变的不是审批，而是投资人做出决策前或决策时，政府不干预，投资人做出决策后与国内企业享受相同待遇，即可申请工商变更登记，30日内通过报备即可。这体现了市场主体的无差别待遇，有利于市场的公平竞争与资源的高效配置。
　　同时，《征求意见稿》明确报备方式为电子方式，企业自行登录“外商投资综合管理信息系统”，这极大方便了企业，也有利于政府信息的全面收集，及时引导。
　　但陈志刚同时指出，《外资企业法》等四部法律的修订，并未彻底取消市场主体的双轨制， 只是将监管层面内资企业与外资企业双轨，调整为“内资企业、外资企业（经营业务为非负面清单）”与“经营负面清单业务的外资企业”监管的双轨。问题是负面清单是动态清单。正处于设立或变更的外商投资企业适用何种监管规则，《征求意见稿》尚存空白。
　　陈志刚举例，如一外商投资企业在设立时属于非负面清单企业，已经办理了工商设立登记，领取了营业执照或变更登记，依据规则在30日内报备即可。但在备案期内，国家对负面清单做出调整，导致该企业经营业务从非负面清单类调整为负面清单类，此时适用备案还是审批，《征求意见稿》没有明确；如果审批没有通过，其已经办理的工商设立或变更登记如何处理，这在法律上有空白。他建议《征求意见稿》明确对负面清单变更导致企业适用规则时点予以明确。
　　丹鹤就备案监管及负面清单的相关事宜提出了自己的建议。她认为， 备案管理部门需要加强事后监管。虽然备案管理简便了外商投资企业的设立程序，符合中国践行此次G20峰会“开放、包容”的内涵，但是，宽容与包容不代表纵容，一旦外商投资企业及其投资者违反备案义务，在限制或禁止投资领域开展投资经营活动，或不配合监督检查的，将承担相应的法律责任，有关诚信信息将记入商务部外商投资诚信档案系统，并通过商务部外商投资信息公示系统予以公示。因此，在“放”的同时，相关备案机构也应加强事中事后监管。
　　而对于负面清单，丹鹤建议，一要明晰负面清单目录。目前我国尚未出台全国范围内的负面清单，需要加快政策推进脚步。投资备案模式应以准确全面的负面清单作为前提。负面清单不能完全地复制自贸区的经验，要充分考量全国各地投资项目内容。制定合理并具有前瞻性的负面清单目录是当下需要考虑的重要工作。《征求意见稿》第十九条中明确，关系国家安全及外商投资准入特别管理措施中所列的禁止、限制类领域仍需经过监督检查，这或许就是未来全国负面清单的雏形。但是，负面清单是此次进行法律改革的重要标尺，衡量着对外商投资企业在中国投资放宽的尺度，对待此项任务需要慎之又慎。
　　二是建立配套制度。负面清单管理是整体性、系统性、协同性的全方位改革，各项配套措施都需要上下联动协同推进，包括建立健全与负面清单相适应的投资管理体制、行政审批制度以及相关行业内制度等。但是在负面清单实际操作中，因为仍有其他制度的约束，如医疗并非自贸区负面清单限制准入的行业，但是受到医保制度及聘请外国专家需由外专局批准等制度要求，准入门槛提高。因此，需要在变革中建立配套的制度建设来协同推进，保证外资企业可以真正意义上实现投资的便利化。
　　配套制度中信用制度建设必不可少。我国部门间需进一步加大政府部门政务公开，落实政府信息公开制度，构建跨部门信息共享机制也尤为重要，使行业信用实现互联互通，保证企业可以获取最为真实有效的政府公共信息。最后需要建立奖惩机制，支持和激励合法合规企业在中国顺利设立运营，对严重违法失信主体实行市场禁入制度，施以惩处。
　　另外，还要建立配套的黑名单制度。按照李克强总理政府工作报告中所提出的，对违背市场竞争规则和侵害消费者权益的企业建立黑名单制度，让失信者寸步难行，让守信者一路畅通，既保证了市场的开放与充分的竞争，又通过将不合规的企业逐出市场保证了市场的良性竞争。三是负面清单不宜太长。负面清单外的事项采用备案管理，而真正体现放宽外商投资准入的就是负面清单外的这些事项，而制定负面清单时，应避免负面清单太长，使得更多行业能够切实享受外资的便利。