面对市场上愈加激烈的竞争态势，企业仅仅靠自身的“单打独斗”已经很难在商战中占据优势地位。合作营销因其具有降低营销成本、共同培育顾客、提高消费忠诚度、增强抗风险能力等诸多优势，成为企业展开营销活动的选项之一。但对合作营销的双方来说，头上都高悬着一把达摩克利斯之剑，不期而至的风险也是必须共同面对和解决的问题。
　　
　　利益之争
　　
　　英国前首相丘吉尔曾说： “没有永远的朋友，也没有永远的敌人，只有永远的利益。”虽然这句话是对政治学的一种表述，但它也同样适用于商业竞争与合作。合作营销的双方作为独立的经济实体，都希望在协作中获得预期的利益。但合作的过程并非都一帆风顺，分账不均、目标不一，都会导致企业在利益上进行暗自争夺。有的企业想先开拓市场渠道，有的则急需技术上的扶持，总会存在无法同步的情况，而任何一方都不愿自身利益受到损害。
　　这种情况几乎贯穿着合作营销的整个过程，相互作用的双方需要达成具有约束力的协议，在这个基础上进行深层次的沟通。以相互信任、谦让的合作态度来解决利益上的冲突，根据在合作中的贡献程度进行收益分配。虽然这是一个敏感而棘手的问题，但可以制定相关的评价方案，甚至可就补偿事宜达成一致。只要合作企业之间存在着营销资源的流动和分配，那么利益之争便在所难免。树立正确的冲突观念，积极寻求解决冲突的方法，才是企业应该做的。换个角度来说，适当的利益之争和企业冲突能够使双方自查弊端与不足，改善现有的经营管理机制，为今后更好的合作做好铺垫。而任何高度武断的强制策略，都会在牺牲对方利益的同时为下一次合作带来无法抹去的阴影。
　　
　　执行之困
　　
　　在营销合作中，企业双方常常在营销活动进行的时间、地点、内容和方式上，难以达成统一；有的企业对营销活动的掌控缺乏经验，为了追逐短期利益，置之前的协议于不顾，丢弃双方的合作关系而重新回归到竞争对手的角色中，互相拆台的事件时有发生。北京工商大学广告系主任罗子明教授在谈到合作营销的风险时说： “合作营销本是一种很好的方式，出现的风险和问题多在于企业双方在执行过程中，有许多不完善之处，给双方合作设置了阻力。”这种阻力可能来源于企业内部缺乏先进的营销观念、健全的营销组织以及创新的营销职能，同时也可能源于缺乏对外部资源的整合与利用。特别是在执行过程之中，不以顾客为中心，而是站在所生产产品的角度，开展了不恰当的营销攻势。
　　企业营销的出发点不仅在于其自身的力量和资源，而可能是一个复杂的资源网络，如何趋利避害，扬长避短，这本身就考验着企业互相协作的执行能力。在合作营销中如何突出企业的产品特色、如何在企业双方共同开展的营销活动中为产品销售、品牌塑造增加有利的砝码，这都需要强大的执行能力。
　　不管是为了共享渠道等而进行短期合作营销，还是为了提高自身能力而进行长期结盟，企业都不应以片面、孤立的视角来看待自己的合作营销活动，应将其视为组织的战略发展目标之一。尽管当下娱乐营销、参与式营销、活动营销大行其道，但合作营销仍旧以其经济、绿色的姿态，成为企业的热门之选。这也无怪乎营销大师艾略特·艾登伯格会在其著名的《4R营销》一书中大呼： “合作营销将是后经济时代新的大趋势。”