瘤胃微生物蛋白酶水解蛋白质生成肽,半胱氨酸蛋白酶是瘤胃中的最主要的蛋白酶,但也存在其它蛋白酶,如丝氨酸蛋白酶。许多原虫、细菌和真菌均具有水解蛋白质的的能力。动物之间的蛋白酶存在差异。由蛋白水解酶形成的肽经肽酶分解为氨基酸。不同类型的肽其断裂的速度不同,这主要与其化学组成特别是N-末端结构有关。瘤胃微生物很难分解N-末端乙酰化肽,甚至经过数周,N-末端乙酰化肽也未分解。但小鼠仍可利用N-末端乙酰化肽中的氨基酸,整个氨基酸由于乙酰化而使营养价值降低。瘤胃中具有肽酶活性的,最主要的菌属为Pre-votella,通过其二肽酶活性,从寡肽N-末端释放二肽而非游离氨基酸。对Prevotella菌二肽酶突变体研究发现:通过抑制Prevotella二肽酶活性或吸收肽的速率有可能降低肽的水解速度。肽和氨基酸可刺激瘤胃微生物的生长,且是保证许多菌种在快速发酵的底物中获得最佳生长所必需的。许多菌种能在营养富集培养基中利用氨基酸前体来满足其氨基酸需要的90％。Cellulolytic菌种有些例外,但其细胞中仍有50％的氮来自氨基酸前体。然而微生物利用氨或肽和氨基酸合成蛋白质的程度要由它们各自浓度决定,一般体外实验利用氨基酸前体和肽比体内实验利用多些。