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证候是中医独有的概念，证候实质的研究，就是用现代科学理论揭示中医证候理论中蕴藏的科学内涵，阐明证候及其相关疾病的微观机制。基因组学与蛋白质组学的引入有望给证候学研究带来契机。从证候实质研究现状、证候与基因组学、蛋白质组学相关研究和复杂系统研究的方法论问题等方面，探讨了从基因组学和蛋白质组学研究中医证候实质可能的思路与方法。