基于支持向量机的siRNA降解效率预测

来源 :东南大学学报:英文版 | 被引量 : 0次 | 上传用户:daren19112879
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为了辅助siRNA的设计,从已发表文献中共收集到573个siRNA的实验数据,使用基于统计学习理论的支持向量机(SVM)方法,提取了siRNA序列的碱基对关联性(BBC)特征,然后使用十倍交叉验证方法,对siRNA沉默目标基因的效率进行了预测.结果表明,基于支持向量机,选用多项式核作为核函数的算法具有最高的AUC值(0.73,ROC曲线图)和最高的r值(0.43,Pearson相关系数分析)。优于以前基于打分的算法.结果说明,在以后的siRNA的设计中应该更多关注碱基之间的关联信息.
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