病毒是一类个体微小、结构简单的非细胞型微生物，虽然我们看不见，也摸不着，但是他们广泛分布在我们周围，时不时就会引发一些疾病，比如近两年出现的甲型H1N1流感、甲型H3N2流感、乙型流感、甲型H7N9禽流感等呼吸道传染性疾病都是由病毒引发的。病毒比细菌小很多，没有细胞结构，仅由核酸和蛋白质构成，它们必须寄生在其他生命体的细胞内才能生长繁殖，需要利用被寄生细胞的代谢系统合成它们自身的核酸和蛋白质成分。正是因为病毒本身没有细胞结构，不存在细胞壁、细胞膜，也不存在蛋白质合成，所以通过破坏病菌细胞壁生成和蛋白质合成来发挥杀灭病菌作用的抗生素，对病毒无能为力，无法杀灭病毒。
　　对付病毒，中药具有很强的优势，比如连花清瘟胶囊，该药具有广谱抗病毒的作用，可有效治疗感冒、流感、禽流感、手足口、SARS等疾病。连花清瘟胶囊的广谱抗病毒作用不仅得到了国内多家权威科研机构的实验证实和医学界的认可，更在一系列传染性公共卫生事件中都发挥了重要作用，屡次被列入诊疗方案和治疗指南。
　　◇ 抗呼吸道常见病毒
　　连花清瘟胶囊可有效抗击引发感冒的各种呼吸道病毒。中国中医科学院中药研究所对连花清瘟胶囊进行了体外抗病毒实验，证实连花清瘟胶囊对副流感病毒、呼吸道合胞病毒、腺病毒、单纯疱疹病毒等均显示出一定的抑制作用，对副流感病毒Ⅰ型、呼吸道合胞病毒抑制作用最强，可有效防治普通感冒。因此，2008年被国家中医药管理局列入《关于在震区灾后疾病预防中应用中医药方法指导意见》治疗感冒推荐用药。
　　◇ 抗甲型H1N1流感病毒
　　连花清瘟胶囊有较强的抗击甲型H1N1流感病毒的作用。2009年，以首都医科大学附属佑安医院为组长单位，联合河南省传染病医院、湖南省疾控中心，沈阳市、成都市、济南市传染病医院等九家甲型流感收治医院，进行了连花清瘟与西药抗病毒药达菲对照治疗甲型H1N1流感循证医学研究。结果证实：连花清瘟病毒转阴率与达菲相当，退热时间优于达菲，缓解咳嗽、肌肉酸痛、乏力、头痛等症状均明显优于达菲，用药安全性高，而且价格低廉，仅为达菲的八分之一。因此，2009年被国家卫生部列入《人感染甲型H1N1流感诊疗方案》推荐用药。
　　◇ 抗甲型H3N2流感病毒
　　连花清瘟胶囊可有效防治甲型H3N2流感。广州医学院第一附属医院广州呼吸疾病研究所和广东省疾病预防控制中心联合进行的连花清瘟胶囊体外抗甲型H3N2流感病毒的实验研究发现，连花清瘟胶囊对病毒的综合抑制和对病毒复制增殖过程抑制的能力都可与利巴韦林相媲美，而且连花清瘟胶囊预防性用药抗击甲型H3N2流感病毒的作用明显优于利巴韦林，可有效防治甲型H3N2流感。
　　◇ 抗乙型流感病毒
　　研究发现，连花清瘟胶囊可有效对抗乙型流感病毒。2012年春季乙型流感流行时，被国家中医药管理局列入《2012年时行感冒（乙型流感）中医药防治方案（试行）》中的治疗用药，在抗击乙流的战役中发挥了重要的作用。
　　◇ 抗禽流感病毒
　　禽流感病毒属于甲型流感病毒，近几年屡有传染人类的现象发生，连花清瘟胶囊对此类病毒具有良好的作用。中国农业科学院农业部动物流感重点开放实验室对连花清瘟胶囊进行的杀灭禽流感病毒实验表明，每毫升含0.1克～0.25克生药的浓度范围内与禽流感病毒作用10分钟，对病毒的杀灭率可达99.99%，有显著的杀灭病毒作用；在0.5克～1克生药的浓度范围内与禽流感病毒作用10分钟，对病毒的杀灭率可达到100%，有完全杀灭病毒的作用。因此，2005年连花清瘟胶囊被国家卫生部列入《人禽流感诊疗方案》治疗人禽流感推荐用药；2008年被国家卫生部列入《人禽流感诊疗方案（2008版修订版）》推荐用药；2013年被国家卫生和计划生育委员会列入《人感染H7N9禽流感诊疗方案》治疗用药。
　　◇ 抗手足口病病毒
　　中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所科研人员，用连花清瘟颗粒药液进行杀灭肠道EV71病毒实验，结果证明连花清瘟颗粒在0.023～0.72mg/ml的浓度范围内，具有明显抗EV71病毒的作用，表明连花清瘟颗粒对手足口病具有治疗作用。
　　◇ 抗SARS病毒
　　2003年“非典”来袭，连花清瘟胶囊应运而生。国家权威P3实验室在北京SARS流行期间从患者肺组织中分离出SARS病毒BJ01株和Vero-E6细胞，进行了连花清瘟胶囊体外抗病毒作用的研究。结果表明，连花清瘟胶囊药物浓度大于0.09mg/ml时，可明显抑制SARS病毒。
　　另外值得一提的是，正是因为连花清瘟胶囊对各种流感病毒的良好抗击作用，2011年被国家卫生部列入《流行性感冒诊断与治疗指南》。