利用富含间接税税收优惠信息的全国税收调查数据,本文测算了中国增值税和营业税的税收优惠规模,从政策目标、行业类别和所有权属性等方面分析了间接税税收优惠的结构,并以两项重要优惠政策为例研究了间接税税收优惠的效益。研究发现:①中国的间接税税收优惠金额巨大,优惠金额占国内生产总值的比重高于不少OECD国家,这会影响税制统一性。②间接税税收优惠表现出一定的倾向性,增值税优惠政策主要用于支持"三农"以及促进环境保护和节能减排,受益纳税人主要集中于批发业和化学原料及化学制品制造业等行业;营业税优惠政策主要用于提高财政资金使用效益,受益纳税人集中于第三产业;增值税和营业税税收优惠的主要受益者是国有企业和外资企业。上述倾向性既有改善民生、促进经济发展方式转变等积极作用,也存在不利于税负公平和企业间公平竞争等负面影响。③间接税税收优惠既有稳定物价、刺激市场交易等正面效益,也存在加重中小企业发展劣势等负面效应。本文的研究有助于打开间接税税收优惠这只"黑箱",为政府部门加强对税收优惠的科学管理提供依据。