2000年巴沙尔执政以来,尤其是2011年3月叙利亚危机爆发后,叙利亚穆斯林兄弟会日益成为该国重要的反对派政治力量。在此期间,叙利亚穆兄会的新变化表现在主要活动、政治主张、地位与影响等方面。其主要活动包括:积极寻求改变,实现内部整合,尝试与叙利亚政府和解;寻求与叙利亚国内外其他反对派合作,同时亦与反对派争夺影响力;更换领导人,加强自身组织建设;尝试建立自己的武装力量,参与军事斗争;组建新政党等。叙利亚穆兄会政治主张涉及国家观、宗教观、民族观、国际政治观等方面。就其地位和影响而言,在大国、地区国家地缘政治博弈的大环境下,叙利亚穆兄会逐渐被边缘化;与大国、地区国家的关系也陷入相对被动的局面。就未来走向而言,叙利亚穆兄会虽然希望能在叙利亚政治舞台上占据一席之地,但囿于复杂多变的中东地区局势和叙利亚国内局势,该组织很难在叙利亚未来的政治重建进程中发挥关键性作用。