明朝建文帝即位时，方孝孺被召为翰林侍讲，旋迁侍讲学士，后改文学博士，朝廷政事多向他咨询。当时的诏檄文字多出其手。他曾主持修《太祖实录》，命为总裁；著有《侯城集》、《逊志斋集》等。
　　建文四年(公元1402年)，燕王朱棣攻入京师(南京)，宫中起火，建文帝去向不明。由于方孝孺是建文帝的亲信重臣，朱棣先将他逮捕下狱。朱棣准备登基时，又将他开释出狱，宣他上殿受命草诏。
　　出狱后，方孝孺身穿孝服，一进殿堂，便高呼“成王”(建文帝)，悲恸大哭。朱棣见状，急忙解释道：“我是学习周公辅助成王的。”方孝孺反问：“如今成王何在?”朱棣说：“他已自焚而死。”
　　“为什么不立成王之子?”
　　“国家需要年长的君王。”
　　“为什么不立成王之弟?”
　　朱棣见方孝孺太迂，问得太多，便耐心地说：“这是朕的家事，先生就别管这么多了。”同时，命令左右备好笔札，交方孝孺当场草诏。朱棣还说：“草诏之事，非先生莫属。”可是，方孝孺竟当着朱棣的面，掷笔于地，且哭且骂：“死就死吧，这诏书决不可草!”
　　朱棣见此情景，勃然大怒，厉声喝道：“朕偏不让你马上死!你自身不怕死，难道就不怕诛灭九族!”方孝孺回答说：“即使诛灭十族，你也对我奈何不得!”朱棣下令将他关进大狱。随后，又派人大肆抓捕方孝孺的亲族、朋友及门生，每抓一人，还要带进狱中故意让方孝孺亲眼看看，以示警告，但方孝孺始终不为所动。结果，方孝孺本人被处以磔刑(一种分裂肢体的酷刑)。死时年仅45岁。
　　其后，朱棣犹不解恨，竟然将方孝孺的朋友与门生也作为一族，全被杀掉，果真是诛灭了“十族”。共杀了800多人。
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