目的:从分子水平研究丹参黄芪配伍抗冠心病和心绞痛的分子机制。方法:采用中药系统药理学数据库和分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology,TCMSP)获取丹参和黄芪活性成分,基于CTD(Comparative Toxicogenomics Database,比较毒物基因组学数据库)筛选冠心病和心绞痛的关键靶标。借助STRING软件对心绞痛和冠心病的靶标基因进行相互作用分析,基于分子对接(Sybyl2.1)对筛选所得的丹参、黄芪的活性成分与心绞痛及冠心病靶点进行分子对接验证。借助Cytoscape3.5.1构建"活性成分-靶点"网络模型。结果:丹参黄芪共筛选出61个活性成分,其中丹参44个,黄芪17个。筛选出冠心病靶标25个,心绞痛靶标7个,通过靶蛋白PPI网络分析,肿瘤坏死因子、基质金属蛋白酶-9、Toll样受体4、载脂蛋白E、脂肪酸转运蛋白、血管紧张素Ⅰ转化酶、基质金属蛋白酶-3、尿激酶为冠心病和心绞痛疾病的关键靶标蛋白。分子对接发现黄芪单味药、丹参单味药、黄芪丹参配伍用药可能通过调节尿激酶(PLAU)、载脂蛋白E(APOE)、血管紧张素I转化酶(ACE)发挥抗冠心病及心绞痛的作用。结论:从分子层面筛选丹参黄芪配伍治疗冠心病、心绞痛疾病的关键活性成分及靶点,为其配伍后实验研究和临床应用提供合理解释。