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目的
评价全基因组测序（WGS）技术对耐多药结核病二线注射类抗结核药物耐药性检测的临床应用价值。
方法利用比例法药敏试验和WGS同时对2013至2017年深圳市慢性病防治中心结核病实验室菌株库保存的172株耐多药结核病（MDR）菌株进行卡那霉素、阿米卡星和卷曲霉素3种二线注射类抗结核药物耐药性检测。以比例法药敏试验为金标准，评价WGS的敏感度、特异度和一致性。两种方法有差异的样本用最低抑菌浓度（MIC）检测法进行比较。采用McNemer检验对两种方法的检出率进行统计分析，P<0.05为差异有统计学意义。
结果共172株MDR菌株纳入本研究，WGS检测发现了2个突变基因：rrs和eis基因，rrs-A1401G是主要的突变位点，分别占阿米卡星、卡那霉素和卷曲霉素耐药菌株的58.3%、14/18和14/14。WGS预测阿米卡星的敏感度、特异度和一致性分别为14/15、93.6%和68.0%；卡那霉素的敏感度、特异度和一致性分别为15/15、98.1%和90.0%；卷曲霉素的敏感度、特异度和一致性分别为14/15、100%和96.0%。2种方法检测结果不一致的菌株共13株，MIC复检1株为耐药菌株，12株为敏感菌株。阿米卡星检测结果不一致的菌株11株，其中WGS检测结果显示8株发生rrs-514-A/C位点突变，而药敏试验和MIC检测均为敏感。
结论WGS诊断阿米卡星、卡那霉素和卷曲霉素具有较高的敏感度和特异度，一致性较强，表明WGS技术在实际应用中对MDR菌株二线注射类抗结核药物耐药检测具有较高的真实性，可广泛应用于临床。