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人体内外分布着种类繁多、数量庞大的微生物，包括细菌、真菌、病毒等。正常情况下，肠道微生物与宿主是一种互利、共生的关系。微生物不但可以帮助宿主抵御病原菌的入侵、促进营养吸收、产生有利于人类的物质，还能影响肠道和免疫系统发育等。在饮食改变、疾病、药物等影响下，肠道微生物的生长会受到干扰而发生肠道菌群紊乱。