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目的：比较并评价基于基质辅助激光解吸电离飞行时间（MALDI-TOF MS）技术的两种质谱检测系统安图Autof ms1000和布鲁克Microflex LT在临床菌株鉴定中的应用。方法：选取2018年11月—2019年2月苏州市立医院临床分离的菌株共3 312株（50个菌属和156个菌种）。临床常见细菌2 397株、念珠菌570株、其他真菌15株，厌氧菌170株、其他细菌160株。同时采用两个质谱系统对上述菌株进行鉴定，结果不一致的菌株采用16/18S rDNA或内转录间隔区（ITS）序列测序确认结果。结果：安图Autof ms1000和布鲁克Microflex LT对上述所有临床菌株属水平总鉴定准确性分别为96.4%和94.3%，而二者种水平总鉴定准确性分别为85.0%和69.9%。570株念珠菌中，二者种水平鉴定准确性分别为81.6%和27.2%。15株其他真菌中，二者种水平鉴定准确性分别为86.7%和6.7%。误鉴定菌株数分别为5株和6株。结论：安图Autof ms1000和布鲁克Microflex LT在细菌鉴定应用方面具有一定的一致性。在真菌的鉴定中，Autof ms1000有一定的优势。二者质谱数据库均有改善优化的空间。