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多序列比对问题是生物信息科学中一个非常重要且具挑战性的课题，并已经被证明属于问题。为了克服以往算法中的求解速度慢的缺点，本文提出了一种基于遗传算法和蚁群算法的算法来求解的新方法，在单独使用遗传算法的基础上再使用蚁群算法来进行局部搜索以便更快速地求得解。实验结果表明，遗传一蚁群算法能有效地求解多序列比对问题。