用随机扩增多态DNA (RAPD)和inter_简单重复序列 (ISSR)标记对分别来自中国海南和云南 2 0个居群的疣粒野生稻 (Oryzagranulata (NeesetArn .exWatt.) )混合样品 ,以及海南 (M5 )和云南 (M2 7) 2个居群各 2 0个植株的遗传多样性进行了检测。在混合取样的居群中 ,2 0个RAPD引物和 12个ISSR引物分别扩增出 2 0 9和 12 2条带 ,多态条带比率 (PPB)分别为 6 4.11%和 72 .95 %。对于分单株取样的居群 ,在M5中 ,两种标记分别扩增出 146和 95条带 ,PPB值分别为 2 1.48%和 34 .78%。在居群M2 7中 ,则分别扩增出 15 1(PPB =17.2 2 % )和 94(PPB =19.15 % )条带。结果表明 ,中国的疣粒野生稻在物种水平的遗传多样性较低 ,其遗传变异主要存在于海南和云南两地之间 ,而在居群内的遗传多样性水平很低。基于Jaccard遗传相似性系数的UPGMA聚类和基于多态条带表型的主成分分析 (PCA)都将中国的疣粒野生稻分为来自海南和云南两类 ,两地间该物种的平均遗传相似性分别为 0 .5 96(RAPD)和 0 .5 11(ISSR) ,其间产生了相当程度的遗传分化。对比RAPD和ISSR在PCR反应中的稳定性和检测变异的能力表明 ,对于实验条件的稳定性而言ISSR优于RAPD ,且总的来说ISSR能检测到比RAPD更多的遗传变异。Mantel检测表明 ,在物种水平 ,这两种标记