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有源电力滤波器（APF）越来越广泛的运用在电力系统中，用来补偿谐波和无功。本文对基于DQ旋转坐标系的无差控制方法，提出了“DSP＋FPGA”的控制系统，克服了单DSP运算能力不足的缺点，实现了补偿25次以内谐波电流的功能。实验表明，该控制系统能实现DQ旋转变换对计算量的要求。使用该控制系统，APF已经实现了单独补偿25次以内谐波电流的功能，补偿效果显著。