实现新农合制度设计的初衷目标、提升制度的惠农政策效果,是亟待解决的重大现实问题。为探寻制度实施效果与设计预期目标的偏差,科学厘清出影响西部新农合惠农政策效果的主要因素,本文基于西部10省区17县(区)的780份农户调研数据及相关统计数据,从医(医疗服务机构)、患(参合农民)、保(医疗保障机构)、管(政府)四方利益主体的视角,对西部新农合制度运行中的困境进行剖析。研究结果表明,既有的新农合制度运行框架模式,会陷入医疗服务机构行为扭曲与服务供给可及性差并存、医疗保障机构经办能力不足与保障效果欠佳并存、政府市场化导向与公共服务职能缺失并存、农民参合意愿强烈与被动参合并存的运行困境。三方强势主导形成的主体间利益失衡,必然影响到新农合的持续运行发展。因此,在新农合制度由试点普及向规范持续运行转轨的关键时期,必须以激励约束机制为突破,构建利益相关主体的协同联动改革机制,有效调动运行主体的积极性,实现新农合制度的持续运行。