【摘 要】
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目的应用MethylMix法,筛选结肠癌甲基化驱动基因,分析其潜在功能及通路。方法从癌症基因组图谱(TCGA)下载结肠腺癌甲基化阵列及表达谱数据,在R3.5.0环境下,利用MethylMix R包
【基金项目】
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国家自然科学基金(81802434),中国博士后科学基金(45862),第二军医大学精准医学转化应用研究专项项目(2017JZ19)
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目的应用MethylMix法,筛选结肠癌甲基化驱动基因,分析其潜在功能及通路。方法从癌症基因组图谱(TCGA)下载结肠腺癌甲基化阵列及表达谱数据,在R3.5.0环境下,利用MethylMix R包对结肠腺癌甲基化驱动基因进行挖掘,将有显著差异并与基因表达显著相关的基因看成甲基化驱动基因,最后对筛选的甲基化驱动基因进行功能及通路富集分析,分析其潜在的生物学功能及通路。结果基于MethylMix算法,共发现323个甲基化驱动基因,包括ZNF43、FAM72B、CAHM等,通过对甲基化驱动基因的功能富集分析显示
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