火炬松热胁迫cDNA文库的EST—SSR预测

来源 :华南农业大学学报 | 被引量 : 0次 | 上传用户:zmeng1984
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以火炬松热胁迫cDNA文库的EST序列为材料,对EST序列进行聚类、拼接等处理后,再进行EST—SSR标记的预测.结果表明:火炬松热胁迫cDNA文库4283条EST序列经CAP3拼接后,获得2062个UniGene,其中934个Contig,1128个Singletons.对UniGene利用SSRIT在线软件分析得到110条EST—SSR.拼接后的UniGene含有SSR位点的频率为4.32%,SSR在火炬松EST上的分布密度为每14.6kb出现1个SSR.这些EST重复基元中,二核苷酸重复和三核苷酸重
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