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微卫星广泛存在于真核生物基因组中,一般由1~6个碱基组成重复片段,因为其种类多、分布广及重复次数在个体间具有高度的变异性呈现高度的多态性、共显性,所以微卫星DNA标记已经成为种群遗传学中被广泛应用的分子标记。就微卫星的结构、功能及其形成机制方面在特定基因定位,种群遗传结构分析、种群内亲缘关系界定、物种进化分析等方面的应用进行阐述。