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原苏联法学家拉金斯基和罗森布里特在其所著《日本首要战犯的国际审判》一书中指出：有人说：“东京法庭审判了所有的被告并判处其中7人以绞刑，这一情况是欺骗不了社会进步人士的。事实终究是事实，（在118名甲级战犯中）被判罪的仅仅只有25人，而成千上万的（甲、乙、丙级）战犯，由于麦克阿瑟的直接庇护，都逍遥法外了。其中有许多人还继续在日本行政机关及经济机关中占据着发号施令的（领导）职位。许多第二次世界大战中的重要战犯，包括天皇裕仁在内，都未曾受到审判。”
只判罪了25名甲级战犯
远东国际军事法庭于1946年5月3日在东京开庭。法官来自中、美、英、法、苏、荷、加、澳、印、新西兰、菲律宾等11国。庭长是澳大利亚人，检察长是美国人，中国法官是梅汝璈，中国检察官是向哲凌。此外，中国的倪征 也以国际检查组成员和中国检察官首席顾问的身份，参加了远东国际军事法庭对日本战犯的审判工作。
虽然规定“法庭不受技术性采证规则的拘束”，但是实际采用的还是英美两国法律体系的诉讼规则，其特点是：（一）在刑事案件中，较偏重于保护被告，采纳证据比较严格，不像欧洲大陆法律体系中，法官可以根据“自由心证”（或称“自由裁量”）来判断案件的是非，这使被告（也就是日本战犯）处于比较有利的地位；（二）对当事人（包括原告和被告）以及证人的询问，不像欧洲大陆那样由法官担任，而由双方律师担任（在刑事案件中，原告方由检察官担任）。这样就使被告（也就是日本战犯）的律师有较大发言权，有时甚至可以左右审判程序和进程。另外，美国借口日本律师不谙英美法律程序，特从美国招来大批律师，为日本被告做义务辩护人，使法庭出现了“原告为被告辩护”的怪现象。
1945年底，盟军分四批逮捕了118名甲级战犯。第一批受审的被告是以东条英机为首的28名甲级战犯。从1946年5月3日开庭，历时两年又七个月，双方提出证人419人，文件4300余件，判决书长达1213页。于1948年11月12日，判处东条英机、土肥原贤二、广田弘毅、板垣征四郎、木村兵太郎、松井石根、武藤章等七人死刑；判处荒木贞夫、桥本欣五郎、畑俊六、平昭騏一郎、小矶国昭、大岛浩、铃木贞一、百鸟敏夫、梅津美治郎等16人无期徒刑；判处东乡茂德有期徒刑20年；重光葵有期徒刑七年（在审判过程中，松冈洋右和永野修身两犯死亡；大川周明因发精神病而停止对其审判）。因此，最后被判罪者只有25人，其中被判绞刑的只有七人。
对以上这28名战犯的审判工作，竟历时如此之久。这固然与案情本身有关，“但美国辩护律师利用英美法律的复杂程序，翻云覆雨、强词夺理（为日本战犯辩护），亦是使审判时间拖长的重要原因”。更主要的原因是：从1946年底起，随着美苏冷战对峙的加剧，加之国民党军队在内战中连连失败，国民党政府已失去充当美国反苏堡垒的能力，美国便把过去的“惩日方针”改变为“扶日方针”，企图扶植日本军国主义势力替代国民党政府充当反苏堡垒，在远东与苏联抗衡。因而便包庇日本战犯、拖延审判时间、停止赔款、恢复日本军事工业，甚至最后竟释放了全部在押的日本战犯。
法庭草草收场遗下诸多后患
审判第一批28名甲级战犯即耗时两年又七个月。那么，对其余90名甲级战犯的审判又要耗费多少时间昵？就更不要说对乙级、丙级战犯的审理了。于是，麦克阿瑟便于1948年底草草宣布远东国际军事法庭解体，从而遗留了诸多后患。
战后，除在东京设远东国际军事法庭外，在日本的其他城市以及在其他国家也设置了各种法庭，对战犯进行审判。约有5700名日本人被判刑，但只有920人被判死刑，其余的在狱中大多数被麦克阿瑟赦免了。因此可以说，东京法庭的审判，只是对日本政府法西斯残暴战争罪行最轻微的、局部的清算，也没有对所有负有重大战争责任的战犯追究责任。这就使得清算日本给中国和亚洲人民造成重大灾难的工作留下了许多“空白点”，或者说是后患。例如：
731部队的罪行没有清算
731部队是日本关东军的一个特种部队，设在哈尔滨郊区的一个秘密营地里。该部队的队长是石井四郎将军，因此也称石井部队。石井对外说他的部队是“木材加工厂”，而实际上，这个部队是个“杀人工厂”。他们在俘虏——主要是中国俘虏身上进行霍乱、鼠疫、伤寒、阿米巴痢疾及其他传染病菌试验，再把他们杀掉，将尸体火化。这个“工厂”的大烟囱，不分昼夜地吐着白烟。战争结束前，日本为了消灭罪证，把整个建筑物炸毁了。
但这些罪行在战后却没有得到清算，战犯也没有受到东京法庭的审判和惩罚。
战后，在日本的美国占领当局，听说731部队每年能生产2000万剂疫苗，他们被日本如此庞大的活动能力震惊得瞠目结舌。于是，美国统治集团便很想得到有关细菌武器试验的成果，某些战犯向美国提供了有关情况。石井四郎等被运到美国，帮助研究和制造细菌武器。1950年朝鲜战争时期，美国在中国东北的辽宁、吉林一些地方投放了大量细菌弹（包括鼠疫、霍乱、伤寒、阿米巴痢疾等细菌等），使东北人民再次遭受到通过美国飞机投下的日本战犯研究的细菌弹的伤害。美国人“捞到了好处”，所以这些战犯便未被追究责任。
对天皇裕仁的战争责任没有清算
天皇裕仁是日本军国主义的最高国家元首、三军最高统帅。日本宪法规定，天皇为“神圣不可侵犯者”。天皇凌驾于内阁政府之上，日本国内外的所有重大军事、外交等举措，无不经他首肯才能贯彻实行；日本对外侵略战争的发动、战争的扩大及战争的结束，无不都是由他做出最后决定。
所以，苏联、英国等国都把日本天皇裕仁列为甲级战犯名单的第一名；美国等国也有很多人要求把他处以绞刑或流放西伯利亚。而日本政府为保护天皇免受惩罚，说天皇是军人手中的傀儡，天皇自己也默认这种说法。美国想在自己独占日本后，利用天皇来稳定政局，使日本站在美国一方，与苏联对峙，因而拒绝把天皇列为头号战犯，没有追究他的战争责任。只是要他在1946年1月1日发表元旦诏书，公开声明自己是人而不是神。1月底，日本政府把明治宪法中原规定的天皇是“神圣不可侵犯者”，修改为“天皇是最高不可侵犯者”。
不追究天皇的战争责任，那些没有被处死和判刑的大批甲、乙、丙级战犯将如何想呢？他们认为自己不过是执行最高统帅天皇的命令而已。因此，1946年11月，天皇裕仁又得到美国占领当局的批准，颁布了一项大赦令，赦免了所有在巢鸭监狱的被控有罪的日本甲、乙、丙级战犯。在麦克阿瑟直接庇护下，许多重大战犯逍遥法外，甚至充斥了日本政坛，甲级战犯重光葵1954年当上了日本外相，甲级战犯岸信介1957年当上了日本首相，等等。他们的后代也充斥日本政坛（岸信介的外孙安倍晋三两次当上首相），他们如何能承认他们的前辈是侵略者、日本是侵略国呢？
“南京大屠杀”、“慰安妇”等问题都未能彻底清算
日本史学家家永三清曾控告日本文部省禁止出版他写的历史课本，因为文部省要求他将该书中这样的话——“占领南京后，日军立即屠杀了许多中国士兵和平民，这一事件被称为‘南京屠杀’”修改为“在日军占领南京后出现的大混乱中死了许多中国士兵和平民”。文部省还要他取消有关731部队在哈尔滨进行的细菌武器试验的段落；禁止使用“日本在亚洲的侵略”等字样。日本政府对家永三清控告文部省一案的审理竟长达三四十年之久。可见，东京审判的“空白点”，或者说麦克阿瑟占领日本期间所造成的历史恶果，是极其严重的。
但是，历史事实是无法篡改的。在南京有30万尸骨的物证，有成千上万的言证，有1700多名幸存者的人证，有美国牧师马骥的亲历证言，还有德国纳粹党南京分部副部长拉贝的日记，以及当年日本士兵东史郎公布的《东史郎日记》。拉贝的外孙女赖因哈特夫人不仅公布了《拉贝日记》等文字材料，而且还把拉贝保存的80多张现场照片公诸于世，每张照片都有时间、地点及拍摄对象的说明。
东京国际军事法庭仅仅只对日本极少数甲级战犯进行了极不彻底的审判，即便如此，日本右翼势力仍要对此进行翻案，最近日本的“购岛”闹剧就是其右翼势力向二战结束时维护世界和平和公正的《开罗宣言》、《波斯坦公告》和人类正义的挑战。这表明日本右翼军国主义对外侵略扩张势力在抬头，也说明东京国际军事法庭草草收场遗下的诸多隐患已在威胁日本周边邻国的领土安全和亚洲和平。
只判罪了25名甲级战犯
远东国际军事法庭于1946年5月3日在东京开庭。法官来自中、美、英、法、苏、荷、加、澳、印、新西兰、菲律宾等11国。庭长是澳大利亚人，检察长是美国人，中国法官是梅汝璈，中国检察官是向哲凌。此外，中国的倪征 也以国际检查组成员和中国检察官首席顾问的身份，参加了远东国际军事法庭对日本战犯的审判工作。
虽然规定“法庭不受技术性采证规则的拘束”，但是实际采用的还是英美两国法律体系的诉讼规则，其特点是：（一）在刑事案件中，较偏重于保护被告，采纳证据比较严格，不像欧洲大陆法律体系中，法官可以根据“自由心证”（或称“自由裁量”）来判断案件的是非，这使被告（也就是日本战犯）处于比较有利的地位；（二）对当事人（包括原告和被告）以及证人的询问，不像欧洲大陆那样由法官担任，而由双方律师担任（在刑事案件中，原告方由检察官担任）。这样就使被告（也就是日本战犯）的律师有较大发言权，有时甚至可以左右审判程序和进程。另外，美国借口日本律师不谙英美法律程序，特从美国招来大批律师，为日本被告做义务辩护人，使法庭出现了“原告为被告辩护”的怪现象。
1945年底，盟军分四批逮捕了118名甲级战犯。第一批受审的被告是以东条英机为首的28名甲级战犯。从1946年5月3日开庭，历时两年又七个月，双方提出证人419人，文件4300余件，判决书长达1213页。于1948年11月12日，判处东条英机、土肥原贤二、广田弘毅、板垣征四郎、木村兵太郎、松井石根、武藤章等七人死刑；判处荒木贞夫、桥本欣五郎、畑俊六、平昭騏一郎、小矶国昭、大岛浩、铃木贞一、百鸟敏夫、梅津美治郎等16人无期徒刑；判处东乡茂德有期徒刑20年；重光葵有期徒刑七年（在审判过程中，松冈洋右和永野修身两犯死亡；大川周明因发精神病而停止对其审判）。因此，最后被判罪者只有25人，其中被判绞刑的只有七人。
对以上这28名战犯的审判工作，竟历时如此之久。这固然与案情本身有关，“但美国辩护律师利用英美法律的复杂程序，翻云覆雨、强词夺理（为日本战犯辩护），亦是使审判时间拖长的重要原因”。更主要的原因是：从1946年底起，随着美苏冷战对峙的加剧，加之国民党军队在内战中连连失败，国民党政府已失去充当美国反苏堡垒的能力，美国便把过去的“惩日方针”改变为“扶日方针”，企图扶植日本军国主义势力替代国民党政府充当反苏堡垒，在远东与苏联抗衡。因而便包庇日本战犯、拖延审判时间、停止赔款、恢复日本军事工业，甚至最后竟释放了全部在押的日本战犯。
法庭草草收场遗下诸多后患
审判第一批28名甲级战犯即耗时两年又七个月。那么，对其余90名甲级战犯的审判又要耗费多少时间昵？就更不要说对乙级、丙级战犯的审理了。于是，麦克阿瑟便于1948年底草草宣布远东国际军事法庭解体，从而遗留了诸多后患。
战后，除在东京设远东国际军事法庭外，在日本的其他城市以及在其他国家也设置了各种法庭，对战犯进行审判。约有5700名日本人被判刑，但只有920人被判死刑，其余的在狱中大多数被麦克阿瑟赦免了。因此可以说，东京法庭的审判，只是对日本政府法西斯残暴战争罪行最轻微的、局部的清算，也没有对所有负有重大战争责任的战犯追究责任。这就使得清算日本给中国和亚洲人民造成重大灾难的工作留下了许多“空白点”，或者说是后患。例如：
731部队的罪行没有清算
731部队是日本关东军的一个特种部队，设在哈尔滨郊区的一个秘密营地里。该部队的队长是石井四郎将军，因此也称石井部队。石井对外说他的部队是“木材加工厂”，而实际上，这个部队是个“杀人工厂”。他们在俘虏——主要是中国俘虏身上进行霍乱、鼠疫、伤寒、阿米巴痢疾及其他传染病菌试验，再把他们杀掉，将尸体火化。这个“工厂”的大烟囱，不分昼夜地吐着白烟。战争结束前，日本为了消灭罪证，把整个建筑物炸毁了。
但这些罪行在战后却没有得到清算，战犯也没有受到东京法庭的审判和惩罚。
战后，在日本的美国占领当局，听说731部队每年能生产2000万剂疫苗，他们被日本如此庞大的活动能力震惊得瞠目结舌。于是，美国统治集团便很想得到有关细菌武器试验的成果，某些战犯向美国提供了有关情况。石井四郎等被运到美国，帮助研究和制造细菌武器。1950年朝鲜战争时期，美国在中国东北的辽宁、吉林一些地方投放了大量细菌弹（包括鼠疫、霍乱、伤寒、阿米巴痢疾等细菌等），使东北人民再次遭受到通过美国飞机投下的日本战犯研究的细菌弹的伤害。美国人“捞到了好处”，所以这些战犯便未被追究责任。
对天皇裕仁的战争责任没有清算
天皇裕仁是日本军国主义的最高国家元首、三军最高统帅。日本宪法规定，天皇为“神圣不可侵犯者”。天皇凌驾于内阁政府之上，日本国内外的所有重大军事、外交等举措，无不经他首肯才能贯彻实行；日本对外侵略战争的发动、战争的扩大及战争的结束，无不都是由他做出最后决定。
所以，苏联、英国等国都把日本天皇裕仁列为甲级战犯名单的第一名；美国等国也有很多人要求把他处以绞刑或流放西伯利亚。而日本政府为保护天皇免受惩罚，说天皇是军人手中的傀儡，天皇自己也默认这种说法。美国想在自己独占日本后，利用天皇来稳定政局，使日本站在美国一方，与苏联对峙，因而拒绝把天皇列为头号战犯，没有追究他的战争责任。只是要他在1946年1月1日发表元旦诏书，公开声明自己是人而不是神。1月底，日本政府把明治宪法中原规定的天皇是“神圣不可侵犯者”，修改为“天皇是最高不可侵犯者”。
不追究天皇的战争责任，那些没有被处死和判刑的大批甲、乙、丙级战犯将如何想呢？他们认为自己不过是执行最高统帅天皇的命令而已。因此，1946年11月，天皇裕仁又得到美国占领当局的批准，颁布了一项大赦令，赦免了所有在巢鸭监狱的被控有罪的日本甲、乙、丙级战犯。在麦克阿瑟直接庇护下，许多重大战犯逍遥法外，甚至充斥了日本政坛，甲级战犯重光葵1954年当上了日本外相，甲级战犯岸信介1957年当上了日本首相，等等。他们的后代也充斥日本政坛（岸信介的外孙安倍晋三两次当上首相），他们如何能承认他们的前辈是侵略者、日本是侵略国呢？
“南京大屠杀”、“慰安妇”等问题都未能彻底清算
日本史学家家永三清曾控告日本文部省禁止出版他写的历史课本，因为文部省要求他将该书中这样的话——“占领南京后，日军立即屠杀了许多中国士兵和平民，这一事件被称为‘南京屠杀’”修改为“在日军占领南京后出现的大混乱中死了许多中国士兵和平民”。文部省还要他取消有关731部队在哈尔滨进行的细菌武器试验的段落；禁止使用“日本在亚洲的侵略”等字样。日本政府对家永三清控告文部省一案的审理竟长达三四十年之久。可见，东京审判的“空白点”，或者说麦克阿瑟占领日本期间所造成的历史恶果，是极其严重的。
但是，历史事实是无法篡改的。在南京有30万尸骨的物证，有成千上万的言证，有1700多名幸存者的人证，有美国牧师马骥的亲历证言，还有德国纳粹党南京分部副部长拉贝的日记，以及当年日本士兵东史郎公布的《东史郎日记》。拉贝的外孙女赖因哈特夫人不仅公布了《拉贝日记》等文字材料，而且还把拉贝保存的80多张现场照片公诸于世，每张照片都有时间、地点及拍摄对象的说明。
东京国际军事法庭仅仅只对日本极少数甲级战犯进行了极不彻底的审判，即便如此，日本右翼势力仍要对此进行翻案，最近日本的“购岛”闹剧就是其右翼势力向二战结束时维护世界和平和公正的《开罗宣言》、《波斯坦公告》和人类正义的挑战。这表明日本右翼军国主义对外侵略扩张势力在抬头，也说明东京国际军事法庭草草收场遗下的诸多隐患已在威胁日本周边邻国的领土安全和亚洲和平。