茅东水库、长荡湖、滆湖、太湖竺山湾是洮滆水系从上游到下游排列的4大典型湖库,2008年的监测分析表明,氮、磷是该水系湖库富营养化的主要污染因子,并沿流域呈加剧趋势,上下游TP质量浓度为0.081~0.296 mg/L,差异小,而TN质量浓度为0.314~5.67 mg/L,差异大,长荡湖到滆湖是洮滆水系首要污染物TN快速增加的关键区域。水系自上而下4个湖库综合营养状况指数分别为45.3,63.0,68.3,69.5,富营养化呈加重趋势,后二者已接近重度富营养化并呈北重南轻的态势,并且4—9月重于其他月份,其生态风险较大。自上而下流域内农田及建设用地的比例均呈增加趋势,表明农业面源污染、城镇生活污染及工业污染的负荷也呈增加趋势,它们的总比例与综合营养状况指数呈正相关(P<0.05)。从藻类种类构成来看,下游竺山湖以铜绿微囊藻(Microcystis aeruginosa)为绝对优势种,有大量表面水华爆发且有黑臭发生,上游滆湖和长荡湖以点状平裂藻(Merismopedia punctata)为绝对优势种,几乎无表面水华爆发,这与鲢、鳙鱼的养殖规模密切相关。