【摘 要】
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目的:使用加权基因共表达网络分析(WGCNA)算法识别与支气管哮喘临床症状关系密切的基因模块并提取关键节点基因.方法:从美国国立生物技术信息中心(NCBl)的基因表达综合数据库
【机 构】
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广西医科大学第一附属医院,南宁530021
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目的:使用加权基因共表达网络分析(WGCNA)算法识别与支气管哮喘临床症状关系密切的基因模块并提取关键节点基因.方法:从美国国立生物技术信息中心(NCBl)的基因表达综合数据库(GEO)中下载支气管哮喘患者外周血单个核细胞的基因表达模型和表达谱(GSE19301)数据集,使用R软件包对具有适当阈值的样本进行聚类分析以检测和去除异常值.确定软阈值后采用WGCNA算法构建具有高度拓扑重叠的基因集模块,筛选出与哮喘临床症状有关的基因模块并分析,使用Cytoscape软件中Cytohubba插件从基因集模块中提取Hub(枢纽)基因.结果:利用WGCNA算法可识别出15个基因模块,其中salmon、green、magenta模块中的基因与哮喘临床表型存在较高相关性,从这些模块中提取出15个Hub基因:TCN1、ARG1、ELANE、CXCL1 、PGLYRP1、CAMP、LTF、ORM1、SLPI、MMP-8、RETN、OLFM4、LCN2、CRISP3、HP.KEGG信号通路富集分析发现这些Hub基因参与癌症的转录、代谢、金黄色葡萄球菌感染、卡波西肉瘤相关疱疹病毒感染、HIV-1感染、人巨细胞病毒感染、NF-KB信号通路、TNF信号通路、细胞因子-细胞因子受体相互作用等.GO富集分析显示Hub基因主要与中性粒细胞活化、脱颗粒、参与及介导免疫反应等生物学过程有关.结论:WGCNA可以作为数据探索工具或基因筛选方法,用于鉴定支气管哮喘患者外周血单个核细胞关键节点基因,为探究哮喘发病的分子机制提供一定的帮助.
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