印尼与周边国家的南海冲突时有发生，其中较为严重的是最近与越南的海上冲突。2017年5月21日，印尼海上执法部门派出1艘海上巡逻船准备对越南渔船实施拦截，而越南方面似乎预有准备地派出1艘海岸警卫船进入事发海域，并撞沉了1艘被印尼方面俘获的渔船，并将该渔船上的1名印尼渔业官员掠获为人质。随后印尼方面雷达发现大量越南船只驶向事发海域，印尼方面不得不选择撤退。此次事件中，越南扣留了1名印尼渔业官员，印尼方面则扣留了越南船员11人。此举在两国国内引起巨大反响，越南与印尼外交关系也骤然紧张。

　　近几年来，印尼在南海海域行为较为强硬，扣留摧毁了数百艘渔船。例如，2014年12月，印尼军方按照总统“无需逮捕，直接沉没”的指示，炸沉了越南的3艘捕鱼船。实际上，“非法捕鱼”是东南亚各国乃至全球各国普遍面临的问题，在没有达成解决方案之前，相关各方均依照“扣船捕人，释放遣返”的程序处理解决，其它国家对待印尼渔民在本国领海非法捕鱼时也不例外。但是近年来，印尼单方面采用了“无需逮捕，直接沉没”的野蛮方式，对该地区的穩定和安全造成了破坏。近年来随着印尼军事力量的增强和对海上资源的依赖，其国内民族主义逐步抬头，甚至反思认为过去印尼在其岛礁领土和海洋权益方面对东南亚周边国家做出了巨大“妥协”。例如，根据2003年《越南与印尼关于两国大陆架边界的划界协议》，印尼虽然确保其位于划界线西侧的岛屿获得“全效控制权力”，但其国内很多人认为最终的划界线更有利于越南，因此其国内许多人希望印尼采取海上强硬态度。

　　印尼与周边国家的分歧
　　印尼与周边国家的海洋分歧较大，比如，印尼就利吉丹岛和西巴丹岛的主权归属，以及马来半岛以东、阿南巴斯群岛以西以北地区，加里曼丹西北与沙捞越以西地区等海域管辖权与马来西亚存在争议，与菲律宾在米格岛的主权归属方面存在争议，与新加坡在巴淡岛的主权归属方面存在争议，与越南在大陆架等部分存在争议。
　　而对于争议海域的渔业资源问题，印尼成立专案行动小组，成员包括海事渔业部、海军、警察、总检察署以及海洋安全部门。专案小组的任务就是逮捕或炸沉“非法捕鱼”渔船。鉴于在这些行动中暴露出的印尼海军能力不足、舰船老化等问题，印尼政府称军费开支将逐步增长到占GDP1.5%的水平。

　　印尼与越南军力发展对比
　　印尼在南海的军事活动起步较晚，但发展较快。越南力量较为庞大，但在南海利益范围较广，军力部署战线较长。
　　印尼舰机技术先进21世纪初，印尼从俄罗斯购买了约十亿美元的武器，包括8架苏-30战斗机、4架米-35攻击直升机以及潜艇等，还计划以分期付款的方式从俄罗斯采购17架运输直升机、4架武装直升机、20辆水陆两用坦克和两艘“基洛”级潜艇。印尼还从印度购买了近程战场监视雷达。2008年，印尼向美国购买了6架新一代F-16战斗机，向俄罗斯购买了3架苏-30MK战斗机，此外还拨款37亿美元用于国产武器制造中期计划。从目前情况看，印尼舰机技术先进，地缘优势明显。南海对越军事冲突，印尼空军可直接投入作战飞机60架、侦察机4架，海军可直接投入主要舰艇13艘，以爪哇、苏门答腊、加里曼丹等大岛为核心构建了海上防御体系。其主要舰机包括苏-30MK、苏-27SK、F-16A/ B战机以及“帕提·乌努斯”级护卫舰、“铁环”级潜艇，在重点区域具备较强的空对海和水下攻击能力。印尼空军拥有3架波音-737侦察机和1架CN-235MPA海上巡逻机，各侦察机拥有完备的侦察和电子设备，能够提供实时情报信息，具备较强的沿海通道海空预警能力。

　　越海空力量规模较大越南海空力量舰机数量最多，但是与周边国家争议点广泛，因此在海上争议区域优势并不明显。越海军装备各型舰、船、艇近300艘，总吨位约10万吨，其中作战舰艇70多艘，主力包括“基洛”级潜艇、“猎豹”级导弹护卫舰等。针对其导弹艇、鱼雷艇、护卫艇数量较多的特点，越海军强调立足于“以小制大”，实施近距突然袭击。越海军5个海军区有4个针对南海方向，第四、第二海军区重点加强南沙方向作战准备，在与印尼的冲突中可直接投入主战舰艇达18艘。越空军针对该方向可以投入苏-30及苏-27战斗机，依托临海部署优势，越南军机到达冲突海域只需20～45分钟，应对突发事件能力较强。
　　总体看，印尼海空武器先进，占有地缘优势，而越南海空武器数量较大，但部署战线长，因此双方保持了一定的军力平衡。这也是该地区海上冲突难以扩大和激化的原因。

　　现状及发展

　　印尼由1.6万多个岛屿组成，贯通两洋，横跨两洲，马六甲海峡、龙目海峡、望加锡海峡、巽它海峡等纵贯国土，这些造就了印尼的地缘战略价值。21世纪，印尼共有探明油气构造60多个，其中43个分布在海上，主要的油气生产区包括苏门答腊油气区、爪哇油气区、东加里曼丹油气区等。印尼石油及天然气出口长期稳定在出口总额的30%左右，石油和天然气销售收入占印尼政府净收入的一半左右。此外，印尼陆地和所属海域还拥有丰富的矿产资源和海洋生物资源。但隶属于印尼的很多岛屿淡水资源匮乏，生活空间不足，大部分岛屿无人居住，也不适合居住，因此管辖这些岛屿仍是对印尼国家管理能力的考验。