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我国经济内生的自主创新需求与金融危机冲击历史性地复合在一起,摆脱危机并实现经济持续增长的关键是重塑地区自主创新模式。从分析自主创新演化的区域特征出发,结合创造性毁灭理论与雁阵范式的预设前提,立足差异性经济体系的国情,给出一个自主创新区域实现的分析框架。以东中西部三大区域的产业升级为契机,合市场和政府之力构筑基于比较优势的自主创新分工体制。