【摘 要】
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目的 通过癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库筛选肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)中关键的增强子RNA(enhancer RNA,eRNA),探究其作为HCC预后分子和治疗靶点的潜力.方法 从TCGA数据库中检索下载33种癌症类型的基因表达RNA-seq配置文件,应用Kaplan-Meier生存分析和Spearman相关分析筛选与HCC患者生存相关的eRNA和靶基因.评估目的eRNA与临床特征的相关性.进行基因集富集分析以研究
【机 构】
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空军军医大学唐都医院消化内科,陕西 西安710038;空军军医大学西京消化病医院肿瘤生物学国家重点实验室,消化疾病国家临床研究中心,陕西 西安710032
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目的 通过癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库筛选肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)中关键的增强子RNA(enhancer RNA,eRNA),探究其作为HCC预后分子和治疗靶点的潜力.方法 从TCGA数据库中检索下载33种癌症类型的基因表达RNA-seq配置文件,应用Kaplan-Meier生存分析和Spearman相关分析筛选与HCC患者生存相关的eRNA和靶基因.评估目的eRNA与临床特征的相关性.进行基因集富集分析以研究目的eRNA潜在的生物学功能.在HCC细胞株Hep 3B中分别构建AP003469.2和靶基因酪氨酸/色氨酸羟化酶激活蛋白ζ(tyrosine and tryptophan hydroxylase activators zeta,YWHAZ)功能缺失细胞模型,定量实时PCR检测AP003469.2敲低后对YWHAZ表达的影响.应用体外增殖实验和transwell实验探究AP003469.2和YWHAZ敲低对细胞增殖和迁移、侵袭能力的影响.在泛癌中验证目的eRNA在其他癌种中的预后潜能.结果 在HCC中,AP003469.2和靶基因YWHAZ与患者不良预后相关,且AP003469.2的表达在患者的组织病理学分级、AJCC分期和T分期方面,差异均具有统计学意义(均P<0.05).基因和通路富集分析结果显示,AP003469.2与参与中性粒细胞脱颗粒、中性粒细胞活化、细胞外基质降解、细胞骨架蛋白重构、细胞伪足和细胞黏附等生物学行为的分子和调控通路相关;进一步分析发现,AP003469.2可能通过中性粒细胞细胞陷阱和细胞伪足调控HCC的发生和发展.定量实时PCR实验证实AP003469.2对靶基因YWHAZ转录的促进作用(P<0.05).CCK-8和transwell实验表明,AP003469.2和YWHAZ敲低均可抑制HCC细胞株Hep 3B的增殖、迁移和侵袭能力(均P<0.01).结论 AP003469.2可能是HCC中的关键eRNA,有潜力成为HCC早期诊断和预后的标志物和治疗靶点.
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