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现代农业是我国农业发展的一个新的阶段，也是一个必然阶段，公共财政在现代农业发展中起着极其重要的作用。利用基于DEA的Malmquist指数方法建立数学模型，选取了农业总产值、农民人均纯收入作为产出指标，选取农业支出、林业支出、农林水利气象等部门事业费三项指标作为投入指标。采用全国31个省（直辖市、自治区）1999—2006年的面板数据进行实证分析。分析结论表明：从全国情况来看，现代农业的投入产出效率很低；从地域分布来看，东部地区效率明显高于中部和西部，西部生产率最低。可见财政支农资金的使用效率也呈现出一种