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我国农村合作医疗制度是新农村建设的一项重要内容，近几年在维护农村稳定、保障农民生命安全、提高农民生活质量等方面发挥了积极作用。但在全面推行中遇到了一些困难，最主要的原因是筹资问题得不到解决，基层医疗卫生体系发展滞后以及农民健康保险意识缺乏，影响了合作医疗制度的健康可持续发展。通过制定科学的筹资原则，明确政府角色定位，充分调动农民参加合作医疗的积极性，可以使新农村建设进程中新型合作医疗机制得到创新和完善。