蛋白质表面模块划分及其在结合位点预测中的应用

来源 :物理化学学报 | 被引量 : 0次 | 上传用户：jimlancer

【摘要】

：

蛋白质-蛋白质复合物的结合位点预测是计算分子生物学的一个难题. 本文对蛋白质-蛋白质复合物数据集Benchmark 3.0 中的双链蛋白质复合物进行了研究, 计算了单体的残基溶剂可

【作者】

：

王攀文龚新奇李春华陈慰祖王存新

【机构】

：

北京工业大学生命科学与生物工程学院,清华大学生命科学学院

【出处】

：

物理化学学报

【发表日期】

：

2012年11期

【关键词】

：

蛋白质结合位点预测模块划分溶剂可接近表面积内部接触面积 Protein binding site prediction Patch division

下载到本地 , 更方便阅读

下载此文赞助VIP

声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架

论文部分内容阅读

蛋白质-蛋白质复合物的结合位点预测是计算分子生物学的一个难题. 本文对蛋白质-蛋白质复合物数据集Benchmark 3.0 中的双链蛋白质复合物进行了研究, 计算了单体的残基溶剂可接近表面积和残基间的接触面积, 并据此提出了蛋白质表面模块划分方法. 发现模块的溶剂可接近表面积与其内部接触面积的乘积（PSAIA）值能够提供结合位点的信息. 在78 个双链蛋白质复合物中, 有74 个体系其受体或配体上具有最大或次大PSAIA值的模块是界面模块. 将该方法获得的结合位点信息应用在CAPRI竞赛Target 39

其他文献

Gemini表面活性剂（12-6-12）和DNA的相互作用

应用紫外光谱、荧光探针、zeta电位、动态光散射和凝胶电泳等方法探讨了阳离子gemini表面活性剂C12H25N＋（CH3）2―（CH2）6―（CH3）2N＋C12H25·2Br- （12-6-12）与DNA之间的相互作用. 研

期刊

GEMINI表面活性剂DNA相互作用复合物Gemini surfactant DNA Interaction Complex

离子液体添加剂[BMIM]HSO4对锌电积过程析氧反应动力学的影响

研究了1-丁基-3-甲基咪唑硫酸氢盐（[BMIM]HSO4）离子液体对锌电积过程析氧反应的影响.研究工作借助于动电位极化,电化学阻抗谱,扫描电镜和X射线衍射等测试技术.动电位极化曲线及

期刊

电化学阻抗谱锌电积析氧离子液体添加剂表面形貌Electrochemical impedance spectroscopy Zinc electrow

O与O_2在Au团簇上吸附的密度泛函理论研究

采用基于密度泛函理论（DFT）的Dmol3程序系统研究了O原子与O2在Au19与Au20团簇上的吸附反应行为.结果表明：O在Au19团簇顶端洞位上的吸附较Au20强;在侧桥位吸附强度相近.O与O2在带

期刊

O与O2吸附反应Au团簇密度泛函理论Oxygen atom and molecule Adsorption Reaction Au cluste

HOSO＋NO反应的机理及动力学

在B3LYP/6-311＋＋G（d,p）水平上研究了HOSO＋NO的反应机理.优化得到了反应势能面上各驻点的几何构型,通过内禀反应坐标（IRC）确认了反应物、中间体、过渡态和产物的相关性.在CCSD（T）/6-311

期刊

HOSO反应机理速率常数电子密度拓扑分析HOSO Reaction mechanism Rate constant Topological ana

Gemini表面活性剂乙烷基-α,ω-双十四烷基二甲基溴化铵产生的高稳定泡沫

报道了由gemini表面活性剂乙烷基-α,ω-双十四烷基二甲基溴化铵（14-2-14）产生的高稳定泡沫体系.泡沫塌陷到初始高度一半所对应的时间（t1/2）用来表征泡沫的稳定性.测得14-2-14体

期刊

泡沫稳定剂GEMINI表面活性剂短联接链长尾链高界面弹性Foam stabilizer Gemini surfactant Short space

超疏水表面上冷凝液滴发生弹跳的机制与条件分析

使用液滴合并前后的体积和表面自由能守恒作为两个限制条件,确定了合并液滴的初始形状,即为偏离平衡态的亚稳态液滴,具有缩小其底半径而向平衡态液滴转变的推动力.进而分析了

期刊

超疏水表面纳米微纳二级结构冷凝液滴变形弹跳机理模型Super-hydrophobic surface Nano Micro-nano two

（Cl-nacnac）Pt（H）与端炔的反应机理

在Templeton实验（West,N.M.;etal.Organometallics2008,27,5252）的基础上,利用密度泛函理论研究了（Cl-nacnac）Pt（H）（Cl-nacnac：bis（N-aryl）-β-diiminate）与端炔的主、副反应机理.结果表

期刊

密度泛函理论反应机理铂炔烃插入炔烃双聚Density functional theory Reaction mechanism Pt Alkyn

铝热反应法制备双股类螺旋Zn_2SnO_4单晶纳米带

综合利用化学气相沉积、铝热反应法、汽-液-固生长法、极性面融合和稳态湍流动力学控制来大量制备双股类螺旋Zn2SnO4单晶纳米带.该材料属于面心立方尖晶石型透明半导体,在光

期刊

双股类螺旋纳米带Zn2SnO4铝热反应法光致发光Bifllar helix-like nanobelt Zn2SnO Aluminothermal

蛋白质表面模块划分及其在结合位点预测中的应用

其他学术论文