目的对重庆市结核分枝杆菌临床分离株进行基因分型,研究不同基因型在重庆的流行情况,并分析基因型与耐药表型的关系。方法收集2011年1—12月重庆市结核病防治所分离的113株结核分枝杆菌临床分离株,采用比例法进行药物敏感性检测;应用间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)和PCR方法对113株结核分枝杆菌临床分离株进行基因分型。结果在113株结核分枝杆菌临床分离株中,可分为北京家族和非北京家族,分别占77株(68.1%,77/113)和36株(31.9%,36/113);北京家族菌株中现代型为48株(62.3%,48/77),古代型为29株(37.7%,29/77);非北京家族菌株中,T1型高达13株(36.1%,13/36),发现9种新基因型。北京家族菌株耐药率为24.7%(19/77),非北京家族菌株耐药率为38.9%(14/36),差异无统计学意义(χ2=2.40,P>0.05)。现代型北京家族菌株耐药率为27.1%(13/48),古代型北京家族菌株耐药率为20.7%(6/29),差异无统计学意义(χ2=0.39,P>0.05)。结论重庆地区结核分枝杆菌具有明显的基因多态性,其主要流行基因型为北京家族,其中北京家族中主要为现代型;北京家族菌株、非北京家族菌株均与耐药性无明显相关性。