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采用同源克隆和末端快速扩增（RACE）方法，得到了1297bp的大菱鲆MHCⅡB全长cDNA片段。该序列包括741bp的开放阅读框（ORF），35bp的5’末端非编码区（UTR）以及521bp的3’末端非编码区。序列比对结果表明，大菱鲆MHCⅡB与牙鲆MHCⅡB的同源性高达71．5％，与真鲷、鲈鱼和丽鱼的同源性分别为67．1％，70．7％和68．4％，与人、鼠和鲨鱼MHCⅡB的同源性仅分别为24．1％，25．1％和13．2％。组织表达研究显示，MHCⅡB基因在正常大菱鲆组织中均表达，但表达量在各个组织中不