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明确套作大豆种腐病菌的种类及其致病性,对于防治大豆种腐病,提高大豆产量和品质具有重要意义.于2016～2018年从四川仁寿、崇州、南充等地收集大豆种腐病的病籽粒,通过组织分离与纯化,基于形态特征、rDNA ITS和EF-1α序列分析以及致病性测定,鉴定四川套作大豆种腐病的病原菌种类.结果表明:分离获得的70株菌株被鉴定为藤仓镰孢菌Fusarium fujikuroi、木贼镰孢菌F.equiseti、亚洲镰孢菌F.asiaticum、大豆茎溃疡病菌Diaporthe phaseolorum和大豆北方茎溃疡病菌D.phaseolorum var.caulivora,分离频率分别为62.86％、21.43％、10％、4.29％和1.43％.致病性检测表明,各代表菌株均能够侵染套作大豆南豆12,引起种子腐烂,发芽率降低,芽长变短,且以F.asiaticum和D.phaseolorum接种后菌丝覆盖面积、发病率和病情指数最高.本研究初步明确了镰孢菌属Fusarium spp.和间座壳属Diaporthe spp.是四川套作大豆种腐病的致病菌,为大豆抗种腐病品种选育及病害防治提供了依据.