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为探讨病原菌胁迫下刺参（Apostichopus japonicus）基因组DNA甲基化水平和转录组表达的差异，本研究采用人工攻毒侵染胁迫，获得刺参化皮体壁组织，并以未攻毒组的健康体壁组织为对照，对刺参2种体壁组织进行全基因组甲基化测序（WGBS）和转录组高通量测序，解析刺参体壁基因组DNA甲基化差异，筛选响应病原胁迫的差异甲基化区域和差异表达基因。同时，通过基因组甲基化和转录组联合分析，筛选负相关关联基因，为解析刺参响应灿烂弧菌（Vibrio splendidus）侵染的分子机理提供基础数据。结果显示，刺参对照组和侵染组基因组总甲基化水平分别为（3.59±0.04）%和（3.87±0.27）%，侵染组甲基化水平显著升高；在发生甲基化的位点中，攻毒组和对照组的m CpG占比分别为83.06%和81.91%,m CpG为最主要的甲基化形式。本研究共筛选出差异甲基化区域（DMRs）626 677个，注释到23 706个功能基因。转录组测序共检测到29 290个基因，筛选到差异表达基因496个，其中，上调基因214个，下调基因282个。在基因组甲基化与转录组的关联分析中，筛选到180个负相关关联基因，其中，差异甲基化区域位于启动子区域的负相关基因为60个。对负相关关联基因的GO和KEGG富集分析，筛选到相关通路和LRR、hsp20和CARD等关键基因。本研究将为解析刺参抗病的表观遗传调控机制提供数据，也为刺参抗病性状选育提供科学参考。