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1999年，中央直属242家科研院所相继转制。转制十年来，在实现科技成果转化和经营管理的实践中取得了较大的成绩，调动了科技人员的积极性和创造性，为转制院所进入市场、了解市场需求提供了机遇。体制机制的变革必然给档案管理工作带来冲击与影响。由于转制科研院所以经济效益和市场为核心，基础研究与行业归口工作迅速淡化，科研档案管理工作力度逐渐削弱。