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【目的】筛选针对海岛棉、陆地棉与海岛棉之间的核心引物。【方法】以8个海岛棉和4个陆地棉品种（系）为材料，采用分子标记技术，对已在Cotton Microsatellite Database（CMD）网站上公布的3 229 对SSR引物，PCR扩增，通过PAGE胶电泳、检测，对获得的扩增条带清晰、重复性好且分辨能力强的核心引物进行统计分析。【结果】94对为海岛棉核心引物，214对为陆海之间差异明显的核心引物。【结论】筛选到了部分核心引物，所选择的SSR引物在海岛棉中多态性较低，选出率仅为2.9%。