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基因转录是继基因组计划完成后基因功能研究的基本内容。基因转录研究迫切需要有新方法的支持。人们从蛋白的指纹分析技术中得到启发,开发基于质谱分析的核酸指纹识别技术。通过对核酸进行酶解处理,使其核酸片段分子量位于质谱检测的范围内,通过高分辨质谱技术获得所检测酶解核酸片段的分子量列表;利用基因组研究所获得的大量数据,通过计算机技术,模拟产生核酸酶解产物数据库,通过独特的算法以及基于这些算法开发的工具软件,把酶解的核酸质谱数据和虚拟的核酸酶解产物数据库进行此对,以发现和鉴别核酸。随着这一技术的逐渐应用和发展,将来还