目的正确鉴别中药材茜草及其混伪品。方法本实验对茜草及其混伪品共13个物种的psb A-trn H、mat K和rbc L共317条序列进行分析,建立DNA条形码鉴定体系。采用MEGA5.1进行种内种间变异及K2P(Kimura-2-Parameter)遗传距离分析,并构建NJ系统聚类树,评价psb A-trn H、mat K和rbc L序列及其组合对茜草与混伪品的鉴定能力。结果 76份基原植物样品的DNA均能成功提取,psb A-trn H、mat K和rbc L序列扩增成功率分别为100%、96%和99%。psb A-trn H、mat K和rbc L单个序列及其两两组合,能将茜草与不同属的混伪品成功区分,但对同属其他物种鉴定效果不理想。psb A-trn H+mat K+rbc L组合序列鉴定效果最好,种内K2P遗传距离为0~0.001 4,种间K2P遗传距离0.000 7~0.630 3;NJ树显示茜草能与其混伪品茜草属其他8个物种以及紫金牛、丹参、川赤芍、蓬子菜明显区分。市场购买的30份未鉴定的茜草药材中,22份样品能成功扩增3个基因片段,采用NJ树分析,其中11份样品与茜草聚为一支,剩余样品聚为单独3支,为茜草属其他物种。结论 psb A-trn H+mat K+rbc L组合序列能作为DNA条形码对茜草及其混伪品进行鉴定。