目的检测RUNX3在腺腔A(luminal A,LA)、腺腔B(luminal B,LB)、基底细胞样(basal-like,BL)和HER-2过表达(HER2-overexpressing,HER-2+)4种不同分子亚型乳腺癌中的蛋白表达和启动子甲基化状态及其与临床病理参数的关系。方法分别采用免疫组化SP法和甲基化特异性PCR(MSP)法检测88例乳腺癌组织中RUNX3基因蛋白表达和启动子甲基化水平,并分析其与临床病理参数的关系。结果 (1)LA、LB、HER-2+、BL型乳腺癌RUNX3蛋白阳性率分别为26.1%、45.0%、76.2%、75.0%;甲基化率分别为69.6%、85.0%、47.6%、29.2%。BL型的蛋白表达和甲基化率均与LA型、LB型差异均有显著性(P<0.05);HER-2+型蛋白表达与LA和LB差异有显著性(P<0.05),甲基化率与LB型差异有显著性(P<0.05)。(2)RUNX3蛋白阳性表达和阴性表达的乳腺癌患者中,RUNX3基因启动子甲基化率分别为36.7%、82.1%,差异有显著性(P<0.05)。(3)49例RUNX3阳性病例均见胞质表达,其细胞内定位在各亚型之间差异无显著性。(4)RUNX3基因启动子甲基化与组织学分级、临床分期相关(P<0.05),与淋巴结转移、肿块大小、患者年龄无关。结论 RUNX3蛋白表达缺失和启动子甲基化主要见于ER阳性乳腺癌,其蛋白胞质定位在乳腺癌中是普遍现象,可能与其功能异常相关,其启动子甲基化与乳腺癌传统预后因素相关。RUNX3基因蛋白表达缺失和启动子甲基化在BL型乳腺癌的发生、发展中可能不起主要作用。