【摘 要】
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目的:识别老年胶质母细胞瘤患者相关lncRNA(Long non-coding RNA,长链非编码RNA)。方法:从TCGA数据库下载TCGA-GBM RNA-seq、miRNA-seq、clinical数据。将样本按照年龄大于70
【机 构】
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广东省广州市增城区中医医院老年病科; 中山大学孙逸仙纪念医院神经外科; 广东省恶性肿瘤表观遗传与基因调控重点实验室;
【基金项目】
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国家自然科学基金(81602205);广东省恶性肿瘤表观遗传与基因调控重点实验室基金(2017B030314026)
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目的:识别老年胶质母细胞瘤患者相关lncRNA(Long non-coding RNA,长链非编码RNA)。方法:从TCGA数据库下载TCGA-GBM RNA-seq、miRNA-seq、clinical数据。将样本按照年龄大于70岁和小于70岁进行分组。利用edgeR软件进行lncRNA、miRNA、mRNA的差异表达分析。利用miRanda软件分别预测miRNA的mRNA靶基因以及miRNA的lncRNA靶基因。针对筛选出的差异lncRNA和差异mRNA,进行表达相关性分析。根据lncRNA-mRNA相关性分析以及miRNA靶基因分析结果,构建ceRNA网络。结果:根据本文的筛选条件共筛选得到48个lncRNA-miRNA-mRNA调控网络。结论:筛选得到7个lncRNA及48个ceRNA网络可作为老年胶质母细胞瘤患者的生物学标志物进行研究。
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