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采用分子动力学模拟和MM-PBSA相结合方法计算了HIV蛋白酶和抑制剂的结合自由能．并且运用能量分解方法考察了蛋白酶主要残基与抑制剂之间的相互作用．在MM—PBSA中，体系的焓通过分子力学方法（MM）得到，极性部分对溶剂化自由能的贡献通过求解有限差分Poisson-Boltzmann（PB）方程得到，非极性部分对溶剂化自由能的贡献通过估算溶剂可接近表面积（SA）拟合得到．