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粤港澳跨行政区域创新系统是由粤港澳三个行政区域内有着密切联系的创新主体、创新环境和创新动力源相互作用而形成的一种跨越行政区划的多层次结构的区域创新系统。该系统在其运行与发展过程中，面临着一些不可回避的制约因素。因此应最大限度地减少和消除有关制度性的障碍及壁垒，在驱动因素与制约因素之间寻找系统构建的动态均衡。