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针对高精度声呐信号预处理系统中出现的时钟频率选择及过控问题进行了研究。在对多次实验结果进行观测和研究的基础上，利用傅里叶变换法，以AGC的控制特性为依据，分析了窄带带通滤波器的幅值延迟效应及上限比较器输出脉宽不确定性对系统的影响。相应地对高精度声呐信号预处理系统进行了改进并予以工程实现，给出了AGC时钟的最优选取准则，去除了前述因素对系统的不利影响。测试结果表明，改进后的预处理系统工作稳定，完成AGC的时间显著缩短。