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针对Hg-CEMS中光电倍增管输出的电压峰信号噪声统计特性随工况的变化而变化,提出了一种模糊扩展卡尔曼滤波（FEKF）算法。该算法根据实际观测新息的均值和方差通过模糊控制器对观测噪声的理论方差阵不断调整,从而实现卡尔曼滤波器对含噪电压峰信号的自适应滤波处理。仿真结果表明,在理论噪声特性偏离实际工况时,该方法滤波效果明显优于常规扩展卡尔曼滤波算法,且具有较强的适应性。